研究通过比较突变体花序分生组织RNA-seq数据,获得了受SEP3调控的基因。研究发现SEP3-AG靶标的seq-DAP-seq和ChIP-seq具有高度重叠,与AG和/或SEP3相比差异表达基因(DEGs)比例显著,表明能够通过seq-DAP-seq识别那些在体内被SEP3-AG复合物结合和调控的转录因子结合位点。研究还发现了仅在seq-DAP-seq中而不在ChIP-se...
一般来说,ChIP得到的DNA fragment丰富度较低,大数据量测序意义不大。按照ENCODE目前标准:转录因子建议有20 M以上的可用reads;不同组蛋白标准不一,基本在20 M-45 M可用reads。 ChIP-seq的实验过程较为复杂,早期文章中往往缺少重复样本的设置。不过为了提高文章结论的可信度,目前的分析标准中通常推荐有2个以上的生物学...
ChIP-seq元素检测分析检测1686个O2结合位点(peaks),分布在1143个基因。RNA-seq和ChIP-seq结果中,共有35个O2调节的靶基因。我们确定了四个O2结合的motifs。其中,TGACGTGG是最保守的。我们证实,除了16-和18-kD玉米醇溶蛋白,O2直接调节其他所有醇溶蛋白的表达。O2直接调节两个转录因子,及碳和氨基酸代谢、非...
ATAC-seq/ChIP-seq | ChIP-Seq技术在实验之前就有一个明确感兴趣的转录因子,也就是研究者需要对某个表观遗传学机制所起的作用有一个初步的想法,然后根据目标转录因子设计抗体去做ChIP实验拉到与其结合的DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq技术没有落脚到具体哪个转录因子,也就是不涉及某个...
seq-DAP-seq具有纯化转录因子(TF)复合物和直接定位于基因组DNA的优势,可确定特定TF复合物(SEP3-AG异源四聚体)的潜在全基因组结合位点。seq-DAP-seq和RNA-seq数据的组合,能够鉴定出ChIP-seq实验中可能不存在的已知和潜在的新直接靶标。与ChIP-seq相比,seq-DAP-seq可以在单碱基水平上检测基因组结合位点的位点间距...
seq-DAP-seq具有纯化转录因子(TF)复合物和直接定位于基因组DNA的优势,可确定特定TF复合物(SEP3-AG异源四聚体)的潜在全基因组结合位点。seq-DAP-seq和RNA-seq数据的组合,能够鉴定出ChIP-seq实验中可能不存在的已知和潜在的新直接靶标。与ChIP-seq相比,seq-DAP-seq可以在单碱基水平上检测基因组结合位点的位点间距...
seq-DAP-seq具有纯化转录因子(TF)复合物和直接定位于基因组DNA的优势,可确定特定TF复合物(SEP3-AG异源四聚体)的潜在全基因组结合位点。seq-DAP-seq和RNA-seq数据的组合,能够鉴定出ChIP-seq实验中可能不存在的已知和潜在的新直接靶标。与ChIP-seq相比,seq-DAP-seq可以在单碱基水平上检测基因组结合位点的位点间距...
MADS转录因子的同源蛋白SEPALLATA3 (SEP3)和AGAMOUS (AG)是调控拟南芥花发育分化的重要DNA结合蛋白。在雌蕊发育阶段,SEP3和AG形成异源四聚体,通过识别CArG-box序列来调控基因的表达。Seq-DAP-seq技术与ChIP-seq联合使用,可用于分析转录因子的DNA结合域与基因组的互作。
seq-DAP-seq具有纯化转录因子(TF)复合物和直接定位于基因组DNA的优势,可确定特定TF复合物(SEP3-AG异源四聚体)的潜在全基因组结合位点。seq-DAP-seq和RNA-seq数据的组合,能够鉴定出ChIP-seq实验中可能不存在的已知和潜在的新直接靶标。与ChIP-seq相比,seq-DAP-seq可以在单碱基水平上检测基因组结合位点的位点间距...