ChIP-seq和转录组关联分析可以做以下2个方面的研究:1、DNA结合蛋白和基因表达调控:通过ChIP-seq技术可以确定DNA结合蛋白(如转录因子)的结合位点,然后与转录组数据结合分析,可以获得转录因子直接调控的靶基因,为全面理解转录因子调控功能提供依据。2、组蛋白修饰和基因表达:ChIP-seq可以用于鉴定组蛋白修饰的位点,结合转录...
细菌ChIP-seq可以帮助我们理解细菌中转录因子的调控网络,揭示其在细菌生长、代谢和适应环境等方面的作用。这种技术对于研究细菌的基因调控机制和适应性演化具有重要意义。本期我们带来了一篇来自中山大学医学院团队发表在Nature communications上的ChIP-seq文章,研究探讨了2',3'-环状鸟苷酸单磷酸(2',3'-cGMP)如何通过转...
1、DNA结合蛋白和基因表达调控:通过ChIP-seq技术可以确定DNA结合蛋白(如转录因子)的结合位点,然后与转录组数据结合分析,可以获得转录因子直接调控的靶基因,为全面理解转录因子调控功能提供依据。 2、组蛋白修饰和基因表达:ChIP-seq可以用于鉴定组蛋白修饰的位点,结合转录组数据可以了解这些修饰对基因表达的影响。 ·爱基...
近日,中国农业大学园艺学院张小兰教授团队联合河北科技师范学院闫立英教授和东北农业大学辛明研究员在The Plant Cell杂志在线发表题为Single nucleotide polymorphisms in SEPALLATA 2 underlie fruit length variation in cucurbits的研究论文,通过GWAS分析,基因定位,RNA-seq、ChIP-seq、EMSA等技术解析了MADS-box家族转录因...
在本篇文章中,我们将探索CHIP SEQ技术在转录因子结合位点分析的应用。 CHIPSEQ技术的基本原理是将细胞或组织中的染色质进行交联固定,并利用特异性抗体对目标蛋白进行免疫沉淀。然后,通过DNA片段的解链、末端修复和连接测序适配体等处理后,进行高通量测序。最后,通过比对整个基因组的测序结果,可以确定转录因子结合位点的...
胚胎生殖细胞的特异性Nrf1敲除导致PGC增殖和存活受损。此外,NRF1还可以主动促进多能干细胞的PGC分化。通过全转录组分析和ChIP-seq分析进一步发现NRF1直接调控PGC形成中的关键信号分子、增殖和细胞周期中的转录因子以及线粒体代谢中的酶。总的...
ChIP-Seq是近年来新兴的将ChIP与新一代测序技术相结合,在全基因s组范围内分析转录因子结合位点(transcription factor binding sites,TFBS)、组蛋白修饰(histone modification)、核小体定位(nucleosome positioning)和DNA 甲基化(DNA methylation)的高通量方法[2-4]。其中ChIP是全基因组范围内识别DNA与蛋白质体内相互作用...
2018年,英国生物-植物科学类期刊Journal of Experimental Botany《实验植物学杂志》发表了题为“Arabidopsis HEAT SHOCK TRANSCRIPTION FACTORA1b regulates multiple developmental genes under benign and stress conditions”的研究论文,通过染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)等组学分析揭示了拟南芥热休克转录因子A1b在调节植...
2023年04月17日,《mBio》杂志发表了题为“Genome-Wide Mapping of the Escherichia coli PhoB Regulon Reveals Many Transcriptionally Inert, Intragenic Binding Sites”的研究论文,该研究通过对细菌转录因子PhoB结合位点的ChIP-seq、RNA-seq整合分析,揭示了大肠杆菌PhoB的许多基因内转录因子结合位点和转录调控机制。
研究发现，转录因子MeGI通过调控昼夜节律、水杨酸生物合成和类黄酮生物合成途径中的基因，影响油柿的性别控制功能。该研究使用ChIP-seq、DAP-seq、RNA-seq和EMSA等技术，结合油柿和拟南芥的实验，揭示了MeGI的调控机制。油柿MeGI基因能抑制拟南芥雄蕊的发育，通过ChIP-seq、DAP-seq和RNA-seq的联合分析，鉴定出...