GTRD从SRA, GEO, ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的chip_seq数据,采用标准流程进行peak calling分析,并基于已有的转录因子motif数据,预测了转录因子结合位点TFBS, 数据库网址如下 http://gtrd.biouml.org/ 整个数据库构建的pipeline示意如下 采用bowtie2将reads与基因组进行比对
以表观组学研究中的ChIP-seq为例,ENCODE Consortium使用不同的表观基因组分析,并制定对应的分析方案和指南,具有绝对的权威和参考意义。 本期,易基因小编为大家说明ENCODE数据库的组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq指标要求,包括测序分析概述、处...
转录因子01.Chip-seq筛选DNA序列靶点 生信论文的套路 临床标本从蛋白水平确认(或HPA数据库),很重要; Kaplan-Meier Plotter从临床意义的角度阐明其重要性; cBio-portal数据库做基因组学的分析(机制一); STRING互作和GO/KEGG分析探讨可能的信号通路(机制二); TISIDB/TIMER分析肿瘤免疫特征(机制三)。 我们前面说过,科...
HOCOMOCO是专门研究人和小鼠的数据库,团队从超过5000个针对人类和小鼠转录因子的实验中获得的14000多套ChIP-Seq数据集,基于系统化的基序发现和交叉验证,展示了人类和小鼠转录因子结合模型。目前,HOCOMOCO 共收…
FactorBook整合了ENCODE数据库中人和小鼠的chip_seq数据,以转录因子为中心,进行了转录因子motif分析, 与其他转录因子或者组蛋白修饰的关联分析,数据库网址如下 http://www.factorbook.org/mouse/chipseq/tf/ 在首页以矩阵的形式展现了数据分布,每一行代表一种转录因子,每一列代表一种细胞... 查看原文 chip_seq质量...
GTRD从SRA, GEO, ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的chip_seq数据,采用标准流程进行peak calling分析,并基于已有的转录因子motif数据,预测了转录因子结合位点TFBS, 数据库网址如下 http://gtrd.biouml.org/ 整个数据库构建的pipeline示意如下 采用bowtie2将reads... 查看原文 unibind:human转录因子结合位点数据库...
转录因子ChIP-seq 数据标准和处理流程 (1)分析概述 转录因子ChIP-seq (TF ChIP-seq) 处理流程适用于预测以点状方式结合的蛋白质,例如特定 DNA 序列或特定染色质结构。其中,IP标靶通常是已知或推定的转录因子或染色质重塑蛋白,也可以是 RNA 结合蛋白、其他 DNA 或染色质特异性因子。
转录因子ChIP-seq 数据标准和处理流程 (1)分析概述 转录因子ChIP-seq (TF ChIP-seq) 处理流程适用于预测以点状方式结合的蛋白质,例如特定 DNA 序列或特定染色质结构。其中,IP标靶通常是已知或推定的转录因子或染色质重塑蛋白,也可以是 RNA 结合蛋白、其他 DNA 或染色质特异性因子。
组蛋白 ChIP-seq 数据标准和处理流程 (1)分析概述 ChIP-seq是一种用于分析蛋白质与DNA互作的方法。ChIP-seq将染色质免疫沉淀与DNA高通量测序相结合,以推断DNA相关蛋白的可能结合位点。ENCODE Consortium开发了两个分析pipeline来研究两种不同类别的蛋白质-染色质互作(组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq)。组蛋白ChIP-...
转录因子和靶基因系列(二)按类检索转录因子ChIP-seq数据 上一次我们介绍了CistromeMap知识库(/db/#/),收录了14000多套人和小鼠的ChIP-seq数据,包含800多个转录因子(简称TF)。在这里能查询哪些TF已经有了ChIP-seq数据,质量如何,TF结合位点的motif,TF调控的靶基因,以及有着相似结合特征的TF(可能是co-factor)。这是...