Cistrome的目标是提供一个基因组顺式作用元件分析的综合性数据库,通过收集来自GEO,ENCODE等公共数据库中的chip_seq, DNase_seq, ATAC_seq 原始数据,采用统一的分析方法,用bwa比对参考基因组,然后采用macs2进行peak calling, 将分析的结果加以整合,做成了在线数据库,整个数据库的构建过程和功能模块示意如下 网址如下 h...
ChIP-Atlas收集整理了SRA数据库中的大量chip_seq数据,并基于这些原始数据进行了后续分析,将分析结果整理成在线服务并发布,方便检索与查询,网址如下 https://chip-atlas.org/ 构建的流程如下 下载SRA原始数据,采用sratoolkit转换成fastq, 然后用bowtie2比对参考基因组,用macs2进行peak calling。官网提供了以下几个功能 ...
03从公共数据库下载ChIP-seq数据 表1.ChIP-seq 公共数据库 04用于组蛋白修饰的ChIP-seq分析的技术考虑 ChIP分析的可靠性取决于抗体质量,包括特异性和信噪比(S/N)。由于来自非特异性抗体-DNA结合的假阳性富集位点可能会混淆分析,因此应使用多种抗体验证意外的ChIP-seq结果。 0...
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
HOCOMOCO是专门研究人和小鼠的数据库,团队从超过5000个针对人类和小鼠转录因子的实验中获得的14000多套ChIP-Seq数据集,基于系统化的基序发现和交叉验证,展示了人类和小鼠转录因子结合模型。目前,HOCOMOCO 共收…
还有一种结果图,我们在做ChIP-seq的文章里也经常看到,就是转录因子结合序列的logo图: 与转录因子结合的DNA序列位点被称为转录因子结合位点(TFBS),表现出一定的序列变异性,以JASPAR这个数据库为例,JASPAR是转录因子结合位点信息数据库,以posi...
GTRD从SRA, GEO, ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的chip_seq数据,采用标准流程进行peak calling分析,并基于已有的转录因子motif数据,预测了转录因子结合位点TFBS, 数据库网址如下 http://gtrd.biouml.org/ 整个数据库构建的pipeline示意如下 采用bowtie2将reads与基因组进行比对,并利用MACS,SISSRS等4款软件进行...
组蛋白 ChIP-seq 数据标准和处理流程 (1)分析概述 ChIP-seq是一种用于分析蛋白质与DNA互作的方法。ChIP-seq将染色质免疫沉淀与DNA高通量测序相结合,以推断DNA相关蛋白的可能结合位点。ENCODE Consortium开发了两个分析pipeline来研究两种不同类别的蛋白质-染色质互作(组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq)。组蛋白ChIP-...
ChIP-seq产生更精确的蛋白质结合位点列表和转录因子、增强子和序列基序的鉴定。也可分析染色质和组蛋白变体的核小体定位和翻译后修饰。 劣势: ChIP-seq成本较高,ChIP芯片技术每个阵列的成本约为400-800美元,而ChIP-seq的成本为每通道1000-2000美元。 ChIP-seq在免疫沉淀中使用抗体,数据的质量很大程度上取决于抗体的...
还有一种结果图,我们在做ChIP-seq的文章里也经常看到,就是转录因子结合序列的logo图: 与转录因子结合的DNA序列位点被称为转录因子结合位点(TFBS),表现出一定的序列变异性,以JASPAR这个数据库为例,JASPAR是转录因子结合位点信息数据库,以position frequency matrices (PFMs) 和TF flexible models(TFFMs)的形式记录了转...