但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
表1:ChIP-seq公共数据库 (3)组蛋白修饰ChIP-seq分析的技术考虑 ChIP-seq分析的可靠性取决于抗体质量,包括特异性和信噪比(S/N)。非特异性抗体-DNA结合的假阳性富集位点可能会干扰分析,因此应使用多种抗体验证ChIP-seq结果。 虽然大多数ChIP-seq工具都是针对...
在生信研究中,各式的seq数据一直是深受生信人喜爱的研究样本来源。Cistrome DB(Cistrome Data Browser)数据库收录了人类和小鼠的ChIP-seq数据,包括转录因子、染色质调控因子、组蛋白修饰等五万多个样本数据,是目前公认最全面的ChIP-seq数据库之一。而UCSC Genome Browser是当前业内最有名、应用最广泛的基因组浏览器。今...
组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复统计处理方面有所不同。转录因子ChIP-seq(TF ChIP-seq)专门研究被认为与特定DNA序列相关联以影响转录速率的蛋白质。 图4:具有生物学重复实验的转录因子ChIP-seq分析流程 图5:没有生物学重复实验的转录因子ChIP-se...
这个数据库都是一些ChIP-seq的数据,但是好像都有些老了,都是好几年去年的ChIP-seq数据。我在GEO数据库中能检索到的ChIP-seq数据,在Cistrome Data Browser中确检索不到。但是对我们做实验的来说,已经够了,因为转录因子是相对比较保守的。老数据和新数据...
chip-atlas数据库提供了可视化工具,帮助用户对ChIP-seq和ATAC-seq数据进行直观的展示和分析。用户可以选择感兴趣的数据集,使用可视化工具绘制染色体分布图、热图、散点图等,以便更好地理解数据的空间分布和相关性。 3. 差异分析: chip-atlas数据库中的数据集可以用于差异分析,帮助用户发现在不同生理状态或疾病状态下的...
数据使用GSE159370数据集中的SRF的ChIP-seq数据,分为serum starved (0.3% FBS) condition and 45 min after serum stimulation (15% FBS). control使用Input. (进入EBI数据库很容易拿到其地址) 数据下载使用迅雷(就4个fq文件) ## 分别为 ### NIH-SRF_03FBS ...
统计共同峰值，整合结果生成热图，直观展示ChIP-seq数据分析成果。此教程适合ChIP-seq数据初学者，提供从数据获取到结果展示的完整流程，无需编程背景。银河平台提供存储空间，但可能需要定期清理无用数据以满足使用需求。实际操作中，根据具体实验设计与数据质量，可能需要调整参数以优化分析结果。
由于ChIPseq 读数将与我们的参考基因组连续比对,我们可以使用我们在之前中看到的基因组比对器。生成的 BAM 文件将包含用于进一步分析的对齐序列读取。 2. 参考基因组生成 首先,我们需要以 FASTA 格式检索感兴趣的基因组的序列信息。我们可以使用 BSgenome 库来检索完整的序列信息。对于小鼠 mm10 基因组,我们加载包 BS...