在生信研究中,各式的seq数据一直是深受生信人喜爱的研究样本来源。Cistrome DB(Cistrome Data Browser)数据库收录了人类和小鼠的ChIP-seq数据,包括转录因子、染色质调控因子、组蛋白修饰等五万多个样本数据,是目前公认最全面的ChIP-seq数据库之一。而UCSC Genome Browser是当前业内最有名、应用最广泛的基因组浏览器。今...
进入新的页面之后我们点击File details会看到Raw sequencing data, 一共有两个重复数据, 因为 chip-seq大多是单端测序, 我们只要选择一个进行分析, 首先是把数据下载下来, 直接下载可能比较慢, 我已经用远端的服务器提前下载好上传到云盘了, 可以在生物楠公众号后台回复CTCF获取下载链接 分析chip-seq的数据还需要一...
组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复统计处理方面有所不同。转录因子ChIP-seq(TF ChIP-seq)专门研究被认为与特定DNA序列相关联以影响转录速率的蛋白质。 图4:具有生物学重复实...
(2)从公共数据库中下载ChIP-seq数据 多个公共数据库可以下载组蛋白修饰ChIP-seq数据,如人内皮细胞表观基因组数据库,包含人体9种血管类型中获得的424个组蛋白修饰ChIP-seq和67个RNA-seq数据集,有包括reads、比对文件、bigwig文件和peaks表等多种数据类型可用,这些数据适合用作ChIP-seq分析的教学和测试数据(表1)。
ChIP-seq是一种结合位点分析法,用于研究体内蛋白质与DNA相互作用。通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与第二代测序技术相结合,在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区域。 实验过程 流程简介 1. fastp:原始数据质控,将 Raw data 转换成 Clean data。
这个数据库都是一些ChIP-seq的数据,但是好像都有些老了,都是好几年去年的ChIP-seq数据。我在GEO数据库中能检索到的ChIP-seq数据,在Cistrome Data Browser中确检索不到。但是对我们做实验的来说,已经够了,因为转录因子是相对比较保守的。老数据和新数据...
统计共同峰值，整合结果生成热图，直观展示ChIP-seq数据分析成果。此教程适合ChIP-seq数据初学者，提供从数据获取到结果展示的完整流程，无需编程背景。银河平台提供存储空间，但可能需要定期清理无用数据以满足使用需求。实际操作中，根据具体实验设计与数据质量，可能需要调整参数以优化分析结果。
chip-atlas数据库提供了可视化工具,帮助用户对ChIP-seq和ATAC-seq数据进行直观的展示和分析。用户可以选择感兴趣的数据集,使用可视化工具绘制染色体分布图、热图、散点图等,以便更好地理解数据的空间分布和相关性。 3. 差异分析: chip-atlas数据库中的数据集可以用于差异分析,帮助用户发现在不同生理状态或疾病状态下的...
accessnathttpgo数据库 本实操完全学习了:给学徒的ATAC-seq数据实战(附上收费视频) 的代码及流程,首先致谢! 生信技能树 2018/11/05 7K2 ATAC-seq或者ChIP-seq等表观测序数据处理服务 condacorrelationipsh ATAC-seq或者ChIP-seq等表观测序数据,需要比对到参考基因组并且找其峰值(peaks)并且进行基因功能元件注释或者...