我们可以从 Encode 网站检索原始测序数据。在这里,我们使用小鼠 MEL 细胞系、样品 ENCSR000EUA(重复 1)下载 Myc ChIPseq 的测序数据。 3. 数据处理 3.1. 处理准备 一旦我们下载了原始 FASTQ 数据,我们就可以使用 ShortRead 包来检查我们的序列数据质量。 首先我们加载 ShortRead 库。 library(ShortRead) 我们将...
原始ChIPseq 测序数据将采用 FASTQ 格式。 FASTQ 在此ChIPseq 研讨中,我们将研究小鼠 MEL 和 Ch12 细胞系中转录因子 Myc 的全基因组结合模式。 我们可以从 Encode 网站检索原始测序数据。在这里,我们使用小鼠 MEL 细胞系、样品 ENCSR000EUA(重复 1)下载 Myc ChIPseq 的测序数据。 3. 数据处理 3.1. 处理准备...
来更新一下关于染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)的数据挖掘思路、高通量测序后的下游实验验证方法 二、干货系列:染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)的数据挖掘思路 CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步: ■ 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak...
如果MNase处理的染色质的DNA在凝胶上分离,就会出现许多条带,每个条带的长度是单核小体DNA的倍数(Noll, 1974)。对这一观察结果最简单的解释是,染色质具有基本的重复结构。晶体学家根据他们的数据构建的核小体模型如图7所示。DNA双螺旋的磷酸二酯骨架显示为棕色和绿松石色,而组蛋白显示为蓝色(H3)、绿色(H4)、黄色...
ChIP-seq 分析:评估片段长度与处理(6) 1. 片段长度评估 片段长度的预测是 ChIPseq 的重要组成部分,它会影响峰识别、峰识别和覆盖概况。 使用互相关或交叉覆盖可以评估按链进行的读取聚类,从而衡量质量。 fragment 在ChIPseq 中,通常是 dsDNA 的短单端读取。
组蛋白 ChIP-seq 数据标准和处理流程 (1)分析概述 ChIP-seq是一种用于分析蛋白质与DNA互作的方法。ChIP-seq将染色质免疫沉淀与DNA高通量测序相结合,以推断DNA相关蛋白的可能结合位点。ENCODE Consortium开发了两个分析pipeline来研究两种不同类别的蛋白质-染色质互作(组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq)。组蛋白ChIP-...
组蛋白 ChIP-seq 数据标准和处理流程 (1)分析概述 ChIP-seq是一种用于分析蛋白质与DNA互作的方法。ChIP-seq将染色质免疫沉淀与DNA高通量测序相结合,以推断DNA相关蛋白的可能结合位点。ENCODE Consortium开发了两个分析pipeline来研究两种不同类别...
组蛋白 ChIP-seq 数据标准和处理流程 (1)分析概述 ChIP-seq是一种用于分析蛋白质与DNA互作的方法。ChIP-seq将染色质免疫沉淀与DNA高通量测序相结合,以推断DNA相关蛋白的可能结合位点。ENCODE Consortium开发了两个分析pipeline来研究两种不同类别的蛋白质-染色质互作(组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq)。组蛋白ChIP-...
ChIP-seq 分析:原始数据质控(2) 简介:染色质免疫沉淀,然后进行深度测序 (ChIPseq) 是一种成熟的技术,可以在**全基因组范围内识别转录因子结合位点和表观遗传标记**。 1. ChIPseq 简介 1.1. 实验处理 交联和蛋白质结合的 DNA。 通过抗体富集特定蛋白质或 DNA 。
组蛋白 ChIP-seq 数据标准和处理流程 (1)分析概述 ChIP-seq是一种用于分析蛋白质与DNA互作的方法。ChIP-seq将染色质免疫沉淀与DNA高通量测序相结合,以推断DNA相关蛋白的可能结合位点。ENCODE Consortium开发了两个分析pipeline来研究两种不同类别的蛋白质-染色质互作(组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq)。组蛋白ChIP-...