但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
与RNA-seq数据分析流程类似,ChIP-seq获得的原始数据首先需要使用fastQC进行质量检测,并对不合格的数据进行进一步处理 (2) Mapping reads。Bowtie将测序获得的reads序列比对到参考基因组上,获得sam或者bam格式的比对文件,获得reads的位置信息。使用samtools软件对比对结果进行排序,以及去除PCR重复,获得最终可以进行下游分析的...
最后整合所有的chipseq的bam文件,画基因的genebody附近的profile和heatmap图 代码语言:javascript 复制 computeMatrix scale-regions-p10-S../*bw -R ~/annotation/CHIPseq/mm10/ucsc.refseq.bed -b 3000 -a 3000 -m 5000 --skipZeros -o tmp5.mat.gzplotHeatmap -m tmp5.mat.gz -out tmp5.merge.pngp...
在实战之前,首先对CHIP-seq分析做一些了解,以下是从各个地方copy过来综合起来的,有些散乱,是我认为重要以及应该了解的知识点。 chip-seq 实战就跟在转录组和外显子上的实战是没有本质区别的,只是它多了一些分析,转录组只找表达量做差异分析,外显子只找变异做变异注释,那chip-seq 找的是peaks和motif 。
该技术应用于分析不断变化的细胞转录组,能够研究可变剪切的转录本,转录后修饰,基因融合,SNP(单核苷酸多态性),突变,以及随着时间变化基因表达的变化或者不同条件处理下细胞的转录组差异等,用于确定内含子与外显子之间的边界等。目前也基于RNA-seq传统方法发展出了single cell RNA-seq以及原位 RNA-seq等技术。
将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-seq技术 ,能高效的在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA片段。 1.2 ChIP-seq技术原理 在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink)后裂解细胞,分离染色体,通过超声或酶处理将染色质随机切割;
一个表达芯片数据处理实例 一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定! WES(七)看de novo变异情况 【直播】我的基因组22:用IGV查看具体某个位点是否变异 文章是:RYBP and Cbx7 define specific biological functions of polycomb complexes in mouse embryonic stem cells ...
1. 数据 今天将继续回顾我们在上一次中研究的 Myc ChIPseq。这包括用于 MEL 和 Ch12 细胞系的 Myc ChIPseq 及其输入对照。 可在此处找到 MEL 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件 可在此处找到 Ch12 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件 可以在此处找到 MEL 细胞系的输入控制 ...
RNA-seq与ChIP-seq数据处理与分析实战（中篇）library TSS附近的 TSS区
与RNA-seq数据分析流程类似,ChIP-seq获得的原始数据首先需要使用fastQC进行质量检测,并对不合格的数据进行进一步处理 (2) Mapping reads。Bowtie将测序获得的reads序列比对到参考基因组上,获得sam或者bam格式的比对文件,获得reads的位置信息。使用samtools软件对比对结果进行排序,以及去除PCR重复,获得最终可以进行下游分析的...