但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
与RNA-seq数据分析流程类似,ChIP-seq获得的原始数据首先需要使用fastQC进行质量检测,并对不合格的数据进行进一步处理 (2) Mapping reads。Bowtie将测序获得的reads序列比对到参考基因组上,获得sam或者bam格式的比对文件,获得reads的位置信息。使用samtools软件对比对结果进行排序,以及去除PCR重复,获得最终可以进行下游分析的...
for((i=1;i<>2;i=i+1)) ;dosamtoolssort$RNAseq/staralign/MCF10AR$i*.bam -o $RNAseq/sort/MCF10AR$i.sorted.bam ;done #使用rmdup去除大量重复 for((i=1;i<>3;i=i+1));dosamtools rmdup -s$RNAseq/sort/MCF10AR$i.sorted.bam $RNAseq/rmdup/MCF10AR$i.rmdup.bam ;done for((i=1;i...
chip-seq 实战就跟在转录组和外显子上的实战是没有本质区别的,只是它多了一些分析,转录组只找表达量做差异分析,外显子只找变异做变异注释,那chip-seq 找的是peaks和motif 。 这里biobabble公众号有比较完整的chip-seq的介绍: CS1: ChIPseq简介 CS2: BED文件 CS3: peak注释 CS4:关于ChIPseq注释的几个问题 CS...
将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-seq技术 ,能高效的在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA片段。 1.2 ChIP-seq技术原理 在生理状态下,把细胞内的DNA与蛋白质交联(Crosslink)后裂解细胞,分离染色体,通过超声或酶处理将染色质随机切割;
一个表达芯片数据处理实例 一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定! WES(七)看de novo变异情况 【直播】我的基因组22:用IGV查看具体某个位点是否变异 文章是:RYBP and Cbx7 define specific biological functions of polycomb complexes in mouse embryonic stem cells ...
RNA-seq与ChIP-seq数据处理与分析实战（中篇）library TSS附近的 TSS区
超过700的基因有 RYBP/Cbx7/Ring1B的peaks,所以作者敲除Cbx7 看看 RYBP的peaks是否会变化,但是没有做CHIP-seq,只是做了ChIP-qPCR。 最后,文章的以下结论很重要: Overall, our ChIP-seq analysis allowed us to identify five types of genes according to the occupancy of PRC1 and PRC2: those with Ring1...
测序ChIP-seq 数据的基本处理包括:读长定位和富集区域(―峰‖)的识别。不同的应用在后续 处理方面有不同的需求。项目1 [17] 代表的一类应用中,后续处理相对简单,基本集中在转录因子结 合位点基序分析等;项目2 [24] 代表的一类应用中,后续处理包括更为广泛的内容:如―峰‖在基因组 不同区域的偏好性统计、―...
ChIP-seq 实验带来的海量数据向生物信息学 研究人员提出了新的挑战。由于此领域数据处理技术的发展大大滞后于实验技术进步, 有必要系统地介绍和回 顾ChIP-seq 数据处理的各个方面, 以便更多研究人员进入此领域设计或改进相应的算法。文章结合实例详细介 绍了ChIP-seq 数据整个流程, 并重点讨论了其中的主要问题和关键...