但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
原始ChIPseq 测序数据将采用 FASTQ 格式。 在此ChIPseq 研讨中,我们将研究小鼠 MEL 和 Ch12 细胞系中转录因子 Myc 的全基因组结合模式。 我们可以从 Encode 网站检索原始测序数据。在这里,我们使用小鼠 MEL 细胞系、样品 ENCSR000EUA(重复 1)下载 Myc ChIPseq 的测序数据。 3. 数据处理 3.1. 处理准备 一旦...
组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复统计处理方面有所不同。转录因子ChIP-seq(TF ChIP-seq)专门研究被认为与特定DNA序列相关联以影响转录速率的蛋白质。 图4:具有生物学重复实验的转录因子ChIP-seq分析流程 图5:没有生物学重复实验的转录因子ChIP-se...
通过对ChIP-seq数据进行系统化的生物信息学分析,我们能够获得如下结果: 1)通过检测疾病相关转录调控原件确定该转录调控原件的下游靶基因集合或观察病灶部位内部的表观遗传状态异常; 2)比较疾病样本和正常样本中转录调控原件在染色体上结合位置的差异,选取疾病特异性的转录调控原件结合位点,观察这些位点周围的基因,缩小候选...
1.2 ChIP-seq技术原理 2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制(data_assess) 2.3 比对到参考基因组(mapping_analysis) 2.4 搜峰(Peak_calling) MACS2 2.4.1 MACS2 核心: callpeak 用法 2.4.2 callpeak 结果文件说明 2.4.3 bdg file → wig file ...
(1) Functional genomics: 这部分的数据是我们最常会用到的数据,包括的实验来源数据有 ①TF ChIP-seq; Histone ChIP-seq; DNase-seq; Mint-ChIP-seq; FAIRE-seq; MNase-seq; ATAC-seq; snATAC-seq; DNase-HS; DNAme array; WGBS; RRBS; MeDIP-seq; Hi-C; intact Hi-C; in situ Hi-C; ChIA-PET...
TF ChIP-seq适用场景：1、确定转录因子在整个基因组上的结合位点，进一步分析结合位点的保守motif；2、确定转录因子调控的下游基因。Histone ChIP-seq适用场景：1、确定全基因组区域内组蛋白修饰位点情况；2、检测同一种组蛋白修饰在不同实验处理或不同发育时期的修饰差异，再结合转录组数据，考察该种组蛋白修饰对基因...
作者采用全基因组方法,进行RNA测序(RNA-seq)分析和不同环境温度下植物的H3组蛋白36号赖氨酸三甲基化(H3K36me3)的染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)。对这些数据集的分析和比较表明,温度诱导的差异剪接基因在H3K36me3中富集。此外,作者发现H3K36me3沉积的减少会导致温度诱导的选择性剪接的改变。 最后的结果表明,组...
1数据获得 2 格式转换 3 质控 主要是看是否有接头序列 4. 去除接头 接头序列:GATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAG 去除完接头最好再次质控...
1. 数据预处理 在进行Chip-seq数据分析之前,我们需要对原始测序数据进行质量控制。可以使用fastqc工具进行质量控制。 #运行fastqc命令fastqc -o output_dir input.fastq.gz 1. 2. 这里需要将"output_dir"替换为输出目录的路径,"input.fastq.gz"替换为原始测序数据的路径。FastQC会生成一个HTML报告,其中包含了质量评...