原始ChIPseq 测序数据将采用 FASTQ 格式。 在此ChIPseq 研讨中,我们将研究小鼠 MEL 和 Ch12 细胞系中转录因子 Myc 的全基因组结合模式。 我们可以从 Encode 网站检索原始测序数据。在这里,我们使用小鼠 MEL 细胞系、样品 ENCSR000EUA(重复 1)下载 Myc ChIPseq 的测序数据。 3. 数据处理 3.1. 处理准备 一旦...
进入新的页面之后我们点击File details会看到Raw sequencing data, 一共有两个重复数据, 因为 chip-seq大多是单端测序, 我们只要选择一个进行分析, 首先是把数据下载下来, 直接下载可能比较慢, 我已经用远端的服务器提前下载好上传到云盘了, 可以在生物楠公众号后台回复CTCF获取下载链接 分析chip-seq的数据还需要一...
转录因子找靶标-ChIPseq结合过表达敲低RNAseq-上-分析思路 266 -- 1:21:01 App 生命的舞者——转录因子 4692 9 47:55 App 分子敲低过表达做RNAseq找靶标的分析思路 上 - 分析思路 207 -- 13:07 App 基因表达调控:操纵子、表观遗传和转录因子 5129 -- 21:48 App 转录因子分析流程结合位点_应用...
以一套已经发表的拟南芥C2H2转录结合因子的ChIP-Seq数据练习: 数据来源:https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-GEOD-60011/samples/ 将这套数据下载到本地后,再通过FileZilla传到服务器中相应的文件夹: 连接到服务器,开始对数据进行处理: 首先,下载需要使用的工具:FastQC 地址:http://www.bioinformatics...
组蛋白 ChIP-seq 数据标准和处理流程 (1)分析概述 ChIP-seq是一种用于分析蛋白质与DNA互作的方法。ChIP-seq将染色质免疫沉淀与DNA高通量测序相结合,以推断DNA相关蛋白的可能结合位点。ENCODE Consortium开发了两个分析pipeline来研究两种不同类别的蛋白质-染色质互作(组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq)。组蛋白ChIP-...
2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制(data_assess) 2.3 比对到参考基因组(mapping_analysis) 2.4 搜峰(Peak_calling) MACS2 2.4.1 MACS2 核心: callpeak 用法 2.4.2 callpeak 结果文件说明 2.4.3 bdg file → wig file 2.5 峰注释(Peak_anno) ...
作者并没有给peaks文件,要想利用这个数据,只能自己重新处理,这就是为什么需要学会ChIP-seq数据处理的原因。不过作者给了bw文件,所以可以勉强跟自己的结果相互验证。 这里作者使用的是 Illumina Genome Analyzer II 测序仪,有点过时了,测序策略是 se50。
chip-seq数据分析流程 1.chip-seq数据下载及更换名称 1.1.根据文献提供的ncbi的编号,下载sra数据。 1.2.更换文件名:更换后的文件名能表明数据所对应的实验组。 2.sra文件转换为fastq格式 2.1.下载及安装sra-tools软件(NCBI-download-download tools-SRA Toolkit 选择linux版本) ...
关键词:下一代测序;ChIP-seq;数据处理;转录调控;表观遗传学ProcessingandanalysisofChIP-seqdataGAOShan1,ZHANGNing1,LIBo2,XUShuo3,YEYan-Bo4,RUANJi-Shou11CollegeofMathematics,NankaiUniversity,Tianjin300071,China;2CollegeofBioengineering,ChongqingUniversity,Chongqing400044,China;3InstituteofScientificandTechnical...
利用交互式生信分析工具银河（Galaxy）进行ChIP-seq数据分析的教程，无需编程，直接从数据下载到结果展示。ChIP-seq是研究蛋白质与DNA交互作用的高通量测序技术，结合染色质免疫沉淀（ChIP）与大规模并行测序，以精确绘制特定蛋白在全基因组范围内的结合位点。教程大纲：一、数据预处理 - 获取数据 从ENCODE...