## 默认下载目录:~/ncbi/public/sra/ls-lh~/ncbi/public/sra/## 下载耗时,自行解决,学员使用现成数据:/public/project/epi/Chipseq-OS25_Esc/OS25_Esc/sra ## 假如提前下载好了数据。 cd~/project/epi/ln-s/public/project/epi/Chipseq-OS25_Esc/OS25_Esc/sra sra 第一步需要制作配置文件,代码是: ...
作者并没有给peaks文件,要想利用这个数据,只能自己重新处理,这就是为什么需要学会ChIP-seq数据处理的原因。不过作者给了bw文件,所以可以勉强跟自己的结果相互验证。 这里作者使用的是 Illumina Genome Analyzer II 测序仪,有点过时了,测序策略是 se50。 从文章找到数据的ID: https://www.ncbi.nlm./Traces/study/?
ln -s /public/project/epi/Chipseq-OS25_Esc/OS25_Esc/sra sra 第一步需要制作配置文件,代码是: ## 直接用excel制作config文件,或者写代码 cut -f 4,7 sra.table |cut -d":" -f 2 |sed 's/ChIPSeq//g' | sed 's/MockIP//g'|sed 's/^ //' |tr ' ' '_' |perl -alne '{$h{$...