ChIP-seq数据分析学习笔记 因为有朋友看了这两天发的笔记。私信我说有些看不出来,为什么一个搞生物的要做数据分析。所以我决定打乱一下进程,先将后面的在生物领域的应用分享给大家。 我就以SRA数据库中一个癌细胞的ChIP-seq数据做展示。 ChIP-seq的数据是以read的方式存储的。一个数据集大约翰几百万个read。对...
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤,但在信号和peak calling方法以及随后的重复统计处理方面有所不同。转录因子ChIP-seq(TF ChIP-seq)专门研究被认为与特定DNA序列相关联以影响转录速率的蛋白质。 图4:具有生物学重复实验的转录因子ChIP-seq分析流程 图5:没有生物学重复实验的转录因子ChIP-se...
点击搜索结果的Model,详细信息中除了展示具体的转录因子ID,model名称,model类型,motif logo,家族及评分等之外,HOCOMOCO还提供了相关model的位置频率矩阵(PFM),位置权重矩阵(PWM),比对到的序列,筛选阈值,相关TF的GTEx表达数据和ReMap ChIPseq数据列表,以及其在JASPAR数据库中的链接。motif logo的每一列表示每个位置,碱基...
http://cistrome.org/db/#/数据库简单寻找蛋白已有的ChIP-seq数据 确定物种及所需要查询的蛋白,一般生物过程不操作,在限制条件中选择高质量的过滤条件,保证数据的可靠性,选择自己感兴趣的肿瘤类型进行观察 点击UCSC Browser,即可进入ucsc进行se...
1. 查询转录因子chip_seq原始数据 2. 查找基因上的转录因子结合位点 3. 查询转录因子的靶基因 除了在线查询外,该数据库还开放下载功能, 链接如下 http://gtrd.biouml.org/downloads/19.04/chip-seq/ GTRD收录的转录因子的数据最多最全面,其查询转录因子靶基因的功能真的是非常实用。
首先要看一下ChIP-seq数据的质量,数据的信号最好比background要强很很多。一般要有control,这样call peaks更准确可信, control主要有Input DNA 和 IgG两种,前一种更常用。 检测质量的一些方式: 1). peaks中reads的数量,如果peaks的reads普遍较少,则质量一般。 2). peaks信号高,背景低。 3). 测序深度深 。 4...
我们先看看一个可以分析的ChIP-seq数据长什么样子 start(reads)[1]#查看第一个read的位置 end(reads)[length(reads)] #查看最后一个read的位置 coverage(reads) #查看测序的覆盖度 在测序完成之后read是散在分布在基因组上的,但是呢。如果是结合了蛋白质的基因片段,在建库是就会被富集。被富集的片段,在测序中...
ChIP-Atlas收集整理了SRA数据库中的大量chip_seq数据,并基于这些原始数据进行了后续分析,将分析结果整理成在线服务并发布,方便检索与查询,网址如下 https://chip-atlas.org/ 构建的流程如下 下载SRA原始数据,采用sratoolkit转换成fastq, 然后用bowtie2比对参考基...