多个公共数据库可以下载组蛋白修饰ChIP-seq数据,如人内皮细胞表观基因组数据库,包含人体9种血管类型中获得的424个组蛋白修饰ChIP-seq和67个RNA-seq数据集,有包括reads、比对文件、bigwig文件和peaks表等多种数据类型可用,这些数据适合用作ChIP-seq分析的教学和测试数据(表1)。 表1: ChIP-seq公共数据库 (3)组蛋...
多个公共数据库可以下载组蛋白修饰ChIP-seq数据,如人内皮细胞表观基因组数据库,包含人体9种血管类型中获得的424个组蛋白修饰ChIP-seq和67个RNA-seq数据集,有包括reads、比对文件、bigwig文件和peaks表等多种数据类型可用,这些数据适合用作ChIP-seq分析的教学和测试数据(表1)。 表1: ChIP-seq公共数据库 (3)组蛋...
03从公共数据库下载ChIP-seq数据 表1.ChIP-seq 公共数据库 04用于组蛋白修饰的ChIP-seq分析的技术考虑 ChIP分析的可靠性取决于抗体质量,包括特异性和信噪比(S/N)。由于来自非特异性抗体-DNA结合的假阳性富集位点可能会混淆分析,因此应使用多种抗体验证意外的ChIP-seq结果。 0...
(2)从公共数据库中下载ChIP-seq数据 多个公共数据库可以下载组蛋白修饰ChIP-seq数据,如人内皮细胞表观基因组数据库,包含人体9种血管类型中获得的424个组蛋白修饰ChIP-seq和67个RNA-seq数据集,有包括reads、比对文件、bigwig文件和peaks表等多种数据类型可用,这些数据适合用作ChIP-seq分析的教学和测试数据(表1)。
表1: ChIP-seq公共数据库 (3)组蛋白修饰ChIP-seq分析的技术考虑 ChIP-seq分析的可靠性取决于抗体质量,包括特异性和信噪比(S/N)。非特异性抗体-DNA结合的假阳性富集位点可能会干扰分析,因此应使用多种抗体验证ChIP-seq结果。 虽然大多数ChIP-seq工具都是针对特定基因组区域的sharp peaks,如转录起始位点(TSS),但...
ChIP-Atlas收集整理了SRA数据库中的大量chip_seq数据,并基于这些原始数据进行了后续分析,将分析结果整理成在线服务并发布,方便检索与查询,网址如下 https://chip-atlas.org/ 构建的流程如下 下载SRA原始数据,采用sratoolkit转换成fastq, 然后用bowtie2比对参考基因组,用macs2进行peak calling。官网提供了以下几个功能...
多个公共数据库可以下载组蛋白修饰ChIP-seq数据,如人内皮细胞表观基因组数据库,包含人体9种血管类型中获得的424个组蛋白修饰ChIP-seq和67个RNA-seq数据集,有包括reads、比对文件、bigwig文件和peaks表等多种数据类型可用,这些数据适合用作ChIP-seq分析的教学...
在生信研究中,各式的seq数据一直是深受生信人喜爱的研究样本来源。Cistrome DB(Cistrome Data Browser)数据库收录了人类和小鼠的ChIP-seq数据,包括转录因子、染色质调控因子、组蛋白修饰等五万多个样本数据,是目前公认最全面的ChIP-seq数据库之一。而UCSC Genome Browser是当前业内最有名、应用最广泛的基因组浏览器。今...
CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步: ■ 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。 ■ 筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异...
多个公共数据库可以下载组蛋白修饰ChIP-seq数据,如人内皮细胞表观基因组数据库,包含人体9种血管类型中获得的424个组蛋白修饰ChIP-seq和67个RNA-seq数据集,有包括reads、比对文件、bigwig文件和peaks表等多种数据类型可用,这些数据适合用作ChIP-seq分析的教学和测试数据(表1)。 表1: ChIP-seq公共数据库 (3)组蛋...