ChIP-Atlas收集整理了SRA数据库中的大量chip_seq数据,并基于这些原始数据进行了后续分析,将分析结果整理成在线服务并发布,方便检索与查询,网址如下 https://chip-atlas.org/ 构建的流程如下 下载SRA原始数据,采用sratoolkit转换成fastq, 然后用bowtie2比对参考基因组,用macs2进行peak calling。官网提供了以下几个功能 ...
Cistrome DB(Cistrome Data Browser)数据库收录了人类和小鼠的ChIP-seq数据,包括转录因子、染色质调控因子、组蛋白修饰等五万多个样本数据,是目前公认最全面的ChIP-seq数据库之一。而UCSC Genome Browser是当前业内最有名、应用最广泛的基因组浏览器。今天大师姐就带着大家,尝试用这些网站探索特定修饰的组蛋白是否参与...
ChIP-Atlas收集整理了SRA数据库中的大量chip_seq数据,并基于这些原始数据进行了后续分析,将分析结果整理成在线服务并发布,方便检索与查询,网址如下 https://chip-atlas.org/ 构建的流程如下 下载SRA原始数据,采用sratoolkit转换成fastq, 然后用bowtie2比对参考基...
unibind:human转录因子结合位点数据库 欢迎关注”生信修炼手册”! unibind采用了ChIP-eat这个工具对ReMap数据库中转录因子的chip_seq数据进行分析,对于来自JASPAR数据库中的人类转录因子,通过结合chip_seq数据的分析结果和转录因子的PWM等模型来准确预测转录因子结合位点,该数据库网址如下https://unibind.uio.no/数据分析的...
自学CHIP-seq 分析第三讲~公共测序数据下载 这一步跟自学其它高通量测序数据处理一样,就是仔细研读 paper,在里面找到作者把原始测序数据放在了哪个公共数据库里面, 一般是 NCBI 的 GEO,SRA,本文也不例外,然后解析样本数,找到 下载链接规律 ## step1 : download raw data cd ~ mkdir CHIPseq_test && cd CHIP...
这一步跟自学其它高通量测序数据处理一样,就是仔细研读paper,在里面找到作者把原始测序数据放在了哪个公共数据库里面,一般是NCBI的GEO,SRA,本文也不例外,然后解析样本数,找到下载链接规律## step1 : download raw data cd ~ mkdir CHIPseq_test && cd CHIPseq_test mkdir rawData && cd rawData ## batch ...
ChIP-Atlas收集整理了SRA数据库中的大量chip_seq数据,并基于这些原始数据进行了后续分析,将分析结果整理成在线服务并发布,方便检索与查询,网址如下 https:/// 构建的流程如下 下载SRA原始数据,采用sratoolkit转换成fastq, 然后用bowtie2比对参考基因组,用macs2进行peak calling。官网提供了以下几个功能 ...
在生信研究中,各式的seq数据一直是深受生信人喜爱的研究样本来源。Cistrome DB(Cistrome Data Browser)数据库收录了人类和小鼠的ChIP-seq数据,包括转录因子、染色质调控因子、组蛋白修饰等五万多个样本数据,是目前公认最全面的ChIP-seq数据库之一。而UCSC Genome Browser是当前业内最有名、应用最广泛的基因组浏览器。今...
ChIP-Atlas收集整理了SRA数据库中的大量chip_seq数据,并基于这些原始数据进行了后续分析,将分析结果整理成在线服务并发布,方便检索与查询/ 构建的流程如下 下载SRA原始数据,采用sratoolkit转换成fastq, 然后用bowtie2比对参考基因组,用macs2进行peak calling。官网提供了以下几个功能 ...