今天给大家介绍ChIP-seq在植物蛋白质-DNA互作研究中的主要应用。 关于ChIP-seq 染色质免疫沉淀(ChIP)是一种分离特定蛋白结合的DNA片段的有效方法。该技术可以将待研究的蛋白质与其在物理上相关联的DNA片段共沉淀,结合高通量测序技术,对从ChIP中获得的DNA...
DNA结合蛋白,包括转录因子、表观遗传因子和染色质修饰因子,控制着植物基因的表达。定位基因组中DNA结合蛋白的结合位点对基因调控网络的解码至关重要。染色质免疫沉淀(ChIP)和高通量测序(ChIP-seq)是一种广泛应用于识别体内特定蛋白结合的DNA区域的方法。从ChIP-seq中获得的信息能够极大地促进我们对植物中转录因子、辅助...
GO富集分析显示,在NC下,DEGs富集到的GO terms基本一致;在HT条件下,BrJMJ18Par-OX植物中上调的DEGs主要与细胞分裂相关,而BrJMJ18PC-OX植物中下调的DEGs显示出在细胞分裂相关GO terms中的富集。BrJMJ18Par-OX植物中下调的DEGs在叶绿素和四吡咯生物合成、辅因子代谢过程和叶绿素生物合成过程等过程中特别富集(Fig.7e,...
染色质免疫共沉淀技术(chromatin immunoprecipitation,ChIP)可以利用目的蛋白特异性抗体与可溶性染色质免疫共沉淀,特异性地富集目的蛋白结合的DNA,并可利用染色质免疫共沉淀与测序相结合的ChIP-seq技术,检测植物转录因子结合位点、组蛋白修饰分布,有效地完成植物基因表达情况的研究。 本期易基因聚焦染色质免疫共沉淀高通量测序...
易基因|植物育种:ChIP-seq(组蛋白)揭示H3K36me修饰影响温度诱导的植物可变剪接和开花 大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 2017年,荷兰瓦格宁根大学分子实验室RGH Immink团队以“Histone H3 lysine 36 methylation affects temperature-induced alternative splicing and flowering in plants”...
全球变暖严重影响了植物的开花时间和繁殖成功率。前信使RNA（pre-messenger RNA, pre-mRNA）的选择性剪接是植物环境温度调控反应的重要机制，但其具体的调控机制尚不清楚。在拟南芥中，温度升高通过改变关键调控基因的剪接，促进植物形态的变化以及从营养期到生殖期的转变。在“Histone H3 lysine 36 methylation affects ...
模式植物（水稻和拟南芥）的ChIP检测方案由Zhu等开发(Zhu et al., 2012)。首先，用甲醛处理细胞，使DNA结合蛋白在体内与DNA交联。接下来，细胞被裂解，染色质被超声波切割成小片段，然后使用特定的蛋白质抗体免疫沉淀蛋白-DNA复合物。为了保证获得高质量的数据，抗体和阴性对照的选择至关重要。市面上有许多针对表位...
首先，植物基因组的复杂性是导致Chip-seq技术难以应用的主要原因之一。植物基因组中含有大量的重复序列、串联重复序列以及高GC含量等特征，这些特征会增加测序的难度和误差率。此外，植物基因组中的基因结构也非常复杂，包括多个外显子和内含子，这也会对测序和数据分析造成一定的困难。其次，植物细胞中存在大量的次级...
模式植物(以水稻和拟南芥为例)的ChIP-seq检测流程如下: 实验部分,首先通过甲醛处理细胞使DNA结合蛋白与DNA交联,然后裂解细胞,超声打断染色质使之称为小片段,再使用特定的蛋白质抗体进行蛋白质-DNA复合物的免疫沉淀。为了保证高质量的数据,抗体和阴性对照的选择至关重要。最后通过逆转交联,从蛋白质中释放DNA片段,纯化释...
易基因|植物育种:ChIP-seq(组蛋白)揭示H3K36me修饰影响温度诱导的植物可变剪接和开花 大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 2017年,荷兰瓦格宁根大学分子实验室RGH Immink团队以“Histone H3 lysine 36 methylation affects temperature-induced alternative splicing and flowering in plants”...