今天给大家介绍ChIP-seq在植物蛋白质-DNA互作研究中的主要应用。 关于ChIP-seq 染色质免疫沉淀(ChIP)是一种分离特定蛋白结合的DNA片段的有效方法。该技术可以将待研究的蛋白质与其在物理上相关联的DNA片段共沉淀,结合高通量测序技术,对从ChIP中获得的DNA...
DNA结合蛋白,包括转录因子、表观遗传因子和染色质修饰因子,控制着植物基因的表达。定位基因组中DNA结合蛋白的结合位点对基因调控网络的解码至关重要。染色质免疫沉淀(ChIP)和高通量测序(ChIP-seq)是一种广泛应用于识别体内特定蛋白结合的DNA区域的方法。从ChIP-seq中获得的信息能够极大地促进我们对植物中转录因子、辅助...
染色质免疫共沉淀技术(chromatin immunoprecipitation,ChIP)可以利用目的蛋白特异性抗体与可溶性染色质免疫共沉淀,特异性地富集目的蛋白结合的DNA,并可利用染色质免疫共沉淀与测序相结合的ChIP-seq技术,检测植物转录因子结合位点、组蛋白修饰分布,有效地完成植物基因表达情况的研究。 本期易基因聚焦染色质免疫共沉淀高通量测序...
该研究通过染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)和转录组测序(RNA-seq)揭示了H3K36me修饰对高温诱导的拟南芥植物的可变剪接(Alternative splicing ,AS)和开花具有重要的调控作用。
关于植物染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。
易基因|植物育种:ChIP-seq(组蛋白)揭示H3K36me修饰影响温度诱导的植物可变剪接和开花 大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 2017年,荷兰瓦格宁根大学分子实验室RGH Immink团队以“Histone H3 lysine 36 methylation affects temperature-induced alternative splicing and flowering in plants”...
首先，植物基因组的复杂性是导致Chip-seq技术难以应用的主要原因之一。植物基因组中含有大量的重复序列、串联重复序列以及高GC含量等特征，这些特征会增加测序的难度和误差率。此外，植物基因组中的基因结构也非常复杂，包括多个外显子和内含子，这也会对测序和数据分析造成一定的困难。其次，植物细胞中存在大量的次级...
模式植物（水稻和拟南芥）的ChIP检测方案由Zhu等开发(Zhu et al., 2012)。首先，用甲醛处理细胞，使DNA结合蛋白在体内与DNA交联。接下来，细胞被裂解，染色质被超声波切割成小片段，然后使用特定的蛋白质抗体免疫沉淀蛋白-DNA复合物。为了保证获得高质量的数据，抗体和阴性对照的选择至关重要。市面上有许多针对表位...
减数分裂(细胞分裂方式)是生物细胞中染色体数目减半的分裂方式,基因转录和染色质结构的重编程在调节植物减数分裂进程具有非常重要的调节作用。由于常规染色质免疫沉淀(ChIP)实验需要的细胞量较多,植物雄性减数分裂细胞的染色质分析尚未完全阐明,导致染色质修饰影响减数分裂基因表达机制仍不清楚。本研究采用的微量细胞ChIP-seq...
诺禾ChIP-seq可稳定获得全基因组范围内研究蛋白特异结合的DNA片段,分析组蛋白修饰及表观遗传修饰的信息。 2. 项目文章以及物种经验丰富 诺禾致源已经成功完成对人、小鼠、斑马鱼、酵母、水稻、拟南芥、玉米、烟草、棉花等物种进行ChIP-seq分析,助力 客户在Cell、Nucleic Acids Research、Nature Communications、Cancer Res...