ChIP-seq可以对修饰后的组蛋白在体内的分布进行全基因组水平的检测。 Hussey等人(2015)利用ChIP-seq技术研究了组蛋白修饰H3K4me3在巨桉木质素发生的表观基因组调控中的作用,发现H3K4me3可以激活参与木质部发育的基因的转录。Hu等人(2012)利用ChIP-seq分析了玉米在冷胁迫过程中H3K9ac的全基因组分布和变化,结果表明,冷刺...
这种方法不需要过滤和多步骤的纯化操作,大大减少了样本量的损伤,样本起始量可少至0.01 g,获得的数据质量和抽提细胞核的ChIP-seq方法一致性较高,目前这种方法被证明在双子叶和单子叶植物中均适用(图2)。 图2:eChIP实验流程和多样本兼容(Zhao, Lun,...
对于纯化后的DNA, 可以通过与其它实验结合进行深入分析。若研究特定目的基因的结合情况, 可以采用定量PCR, 以给料对照作为参照, 设置合适的PCR体系及程序, 分析DNA的富集程度; 若结合二代测序技术进行ChIP-seq, 可以参考DNA文库构建试剂盒(NEB, Cat No.E7645)进行建库、测序并分析DNA结合情况。 6注意事项 (1) ...
染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运...
图2 CUT&Tag与ChIP-Seq实验流程对比[2] (1)无需交联、超声打断等步骤,节约时间; (2)不受ChIP交联引起的表位遮蔽影响; (3)高分辨率和低背景信号(这是由于转座酶原位激活切割染色质);(4)转座酶切割片段两边序列能同时加上测序接头,为PCR扩增做准备; ...
1、CHIP-seq流程 模式植物(以水稻和拟南芥为例)的ChIP-seq检测流程如下: 实验部分,首先通过甲醛处理细胞使DNA结合蛋白与DNA交联,然后裂解细胞,超声打断染色质使之称为小片段,再使用特定的蛋白质抗体进行蛋白质-DNA复合物的免疫沉淀。为了保证高质量的数据,抗体和阴性对照的选择至关重要。最后通过逆转交联,从蛋白质中...
5周龄NS和HS的NP:HSFA1b和Col-0拟南芥植物的完全展开叶片样品用于ChIP-seq和RNA-seq实验 (2)项目设计流程图: 研究结果: (1)在HS条件下HSFA1b优先结合其靶基因的上游和TSS区域 图1:响应HS的HSFA1b结合的变化 (A)对照和热激条件下HSFA1b结合位点富集与聚类 ...
5周龄NS和HS的NP:HSFA1b和Col-0拟南芥植物的完全展开叶片样品用于ChIP-seq和RNA-seq实验 (2)项目设计流程图: 研究结果: (1)在HS条件下HSFA1b优先结合其靶基因的上游和TSS区域 图1:响应HS的HSFA1b结合的变化 (A)对照和热激条件下HSFA1b结合位点富集与聚类 ...