模式植物(以水稻和拟南芥为例)的ChIP-seq检测流程如下: 实验部分,首先通过甲醛处理细胞使DNA结合蛋白与DNA交联,然后裂解细胞,超声打断染色质使之称为小片段,再使用特定的蛋白质抗体进行蛋白质-DNA复合物的免疫沉淀。为了保证高质量的数据,抗体和阴性对照...
近年来,根据着丝粒存在特异组蛋白CENH3的特点,研究者建立了基于CENH3抗体的ChIP-seq的着丝粒分离分析方法,使得分离不同物种着丝粒DNA得以实现,并极大推动了着丝粒研究的深入开展。 在获得着丝粒ChIP-seq数据后,通过与基因组序列比对筛选,获得在基因组上具有单一拷贝的数据,并将其锚定到对应物种的基因组上,即可获得ChIP-...
seq是对ChIP结果的一种分析和展示。成功的ChIP-seq源自良好的ChIP。根据实验目的及材料特点进行合适的交联,有效地获取组织细胞染色质,适当地打断染色质,高效特异地富集靶标,并进行适当的建库扩增。 ChIP-Seq 技术流程原理 需要注意的是,植物类组织含有高浓度的多糖多酚物质及其他杂质,核提取难度较大,容易导致样本组织...
这项研究的亮点在于开发了一种创新的aChIP技术,成功解决这些问题,绘制了多个物种和器官的组蛋白修饰和转录因子结合位点图谱,为植物重要经济器官(如油菜干种子)提供了高质量的ChIP-seq数据”。 综上所述,aChIP是一种高质、高效、灵敏、稳定的植物高阶ChIP-seq技术,适用于所有测试的植物器官,特别是作物重要经济器官。
图1:ChIP-seq 在全基因组范围内鉴定APIP5 结合位点和motifs 图2:水稻APIP5兼具转录因子和RNA结合活性调控细胞死亡和免疫反应 关于植物染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可...
易基因|植物育种:ChIP-seq(组蛋白)揭示H3K36me修饰影响温度诱导的植物可变剪接和开花 大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 2017年,荷兰瓦格宁根大学分子实验室RGH Immink团队以“Histone H3 lysine 36 methylation affects temperature-induced alternative splicing and flowering in plants”...
1、CHIP-seq流程 模式植物(以水稻和拟南芥为例)的ChIP-seq检测流程如下: 实验部分,首先通过甲醛处理细胞使DNA结合蛋白与DNA交联,然后裂解细胞,超声打断染色质使之称为小片段,再使用特定的蛋白质抗体进行蛋白质-DNA复合物的免疫沉淀。为了保证高质量的数据,抗体和阴性对照的选择至关重要。最后通过逆转交联,从蛋白质中...
首先，植物基因组的复杂性是导致Chip-seq技术难以应用的主要原因之一。植物基因组中含有大量的重复序列、串联重复序列以及高GC含量等特征，这些特征会增加测序的难度和误差率。此外，植物基因组中的基因结构也非常复杂，包括多个外显子和内含子，这也会对测序和数据分析造成一定的困难。其次，植物细胞中存在大量的次级...
易基因|植物育种:ChIP-seq(组蛋白)揭示H3K36me修饰影响温度诱导的植物可变剪接和开花 大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 2017年,荷兰瓦格宁根大学分子实验室RGH Immink团队以“Histone H3 lysine 36 methylation affects temperature-induced alternative splicing and flowering in plants”...
由于更高的分辨率，ChIP-seq的覆盖率和特异性相比ChIP-chip有了明显的提高(Luo and Lam, 2014)。因此，ChIP-seq已成为一种分析真核生物基因组中染色质修饰和转录因子（TF）结合位点的流行方法。02模式植物的ChIP实验流程 模式植物（水稻和拟南芥）的ChIP检测方案由Zhu等开发(Zhu et al., 2012)。首先，用甲醛处理...