模式植物(以水稻和拟南芥为例)的ChIP-seq检测流程如下: 实验部分,首先通过甲醛处理细胞使DNA结合蛋白与DNA交联,然后裂解细胞,超声打断染色质使之称为小片段,再使用特定的蛋白质抗体进行蛋白质-DNA复合物的免疫沉淀。为了保证高质量的数据,抗体和阴性对照...
seq是对ChIP结果的一种分析和展示。成功的ChIP-seq源自良好的ChIP。根据实验目的及材料特点进行合适的交联,有效地获取组织细胞染色质,适当地打断染色质,高效特异地富集靶标,并进行适当的建库扩增。 ChIP-Seq 技术流程原理 需要注意的是,植物类组织含有高浓度的多糖多酚物质及其他杂质,核提取难度较大,容易导致样本组织...
ChIP-seq可以对修饰后的组蛋白在体内的分布进行全基因组水平的检测。 Hussey等人(2015)利用ChIP-seq技术研究了组蛋白修饰H3K4me3在巨桉木质素发生的表观基因组调控中的作用,发现H3K4me3可以激活参与木质部发育的基因的转录。Hu等人(2012)利用ChIP-seq分析了玉米在冷胁迫过程中H3K9ac的全基因组分布和变化,结果表明,冷刺...
该研究通过染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)和转录组测序(RNA-seq)揭示了H3K36me修饰对高温诱导的拟南芥植物的可变剪接(Alternative splicing ,AS)和开花具有重要的调控作用。
稻瘟菌(Magnaporthe oryzae)接种:将M. oryzae分离物在培养基上以26°C黑暗环境培育7天,然后转移到光照环境中生长7-10天进行孢子形成。对六周大的水稻进行打孔接种。所有接种实验独立重复至少 3 次。对植物组织进行DNA和RNA提取,用于后续的实验。 图1:ChIP-seq 在全基因组范围内鉴定APIP5 结合位点和motifs ...
易基因|植物育种:ChIP-seq(组蛋白)揭示H3K36me修饰影响温度诱导的植物可变剪接和开花 大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 2017年,荷兰瓦格宁根大学分子实验室RGH Immink团队以“Histone H3 lysine 36 methylation affects temperature-induced alternative splicing and flowering in plants”...
首先，植物基因组的复杂性是导致Chip-seq技术难以应用的主要原因之一。植物基因组中含有大量的重复序列、串联重复序列以及高GC含量等特征，这些特征会增加测序的难度和误差率。此外，植物基因组中的基因结构也非常复杂，包括多个外显子和内含子，这也会对测序和数据分析造成一定的困难。其次，植物细胞中存在大量的次级...
技术平台:ChIP-seq、RNA-seq数据分析等 研究摘要: 高温胁迫导致作物雄性不育,从而降低产量。为研究组蛋白修饰在HT条件下对雄性育性的可能贡献,本研究通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)在两个不同品种的陆地棉(Gossypium hirsutum)中绘制了组蛋白H3赖氨酸27三甲基化(H3K27me3)和组蛋白H3-赖氨酸4三甲基化(H3K4me3...
有研究者发现提出了一种更加简单和灵敏的植物ChIP方法(eChIP),用裂解液直接裂解液氮研磨的粉末,再用缓冲液稀释,不进行细胞核的纯化,直接进行染色质超声打断。 这种方法不需要过滤和多步骤的纯化操作,大大减少了样本量的损伤,样本起始量可少至0.01 g,获...
为了鉴定SARD1的靶向基因，作者利用抗HA的抗体在自身启动子下表达SARD1-HA融合蛋白的转基因植物上进行ChIP实验。免疫沉淀的DNA用Illumina测序。对ChIP测序（ChIP-seq）数据的分析显示了×20的基因组覆盖深度。绘制基因组上每个位置的序列覆盖范围，以确定拟南芥基因组中的峰。基因区域的峰分析表明，大部分序列峰位于翻译...