1. jimmy大神早前的帖子里用了ChIP-seq实战 和视频里不一样。 2.从GEO下载数据 可以详见手把手教你如何从GEO下载数据。 方法一:从网页下,需要在NCBI的GEO数据库中进入相应的GEO Series (GSE) study ID,如GSE42466。再选择要下载的样本GEO Sample (GSM) 样本ID,如GSM1041372 Ring1B_ChIPSeq。再点击RSA格式...
这里是佳奥! 到了数据下载这一步,之前我都是在NCBI上直接用浏览器下载,不过有的数据寻找链接比较耗时,这一次开始我就使用sratoolkit来下载处理原始数据。 1 软件安...
这一步跟自学其它高通量测序数据处理一样,就是仔细研读paper,在里面找到作者把原始测序数据放在了哪个公共数据库里面,一般是NCBI的GEO,SRA,本文也不例外,然后解析样本数,找到下载链接规律## step1 : download raw data cd ~ mkdir CHIPseq_test && cd CHIPseq_test mkdir rawData && cd rawData ## batch ...
下载地址:Phytozome 提供多种植物的参考基因组数据,是研究植物基因组和比较基因组学的一个重要资源。 准备blacklist region 基因组 "blacklist region"(基因组黑名单区域)是指在基因组中那些由于各种技术或生物学原因导致数据质量较差、噪音较高或不可重复区域。通常在高通量测序实验(如ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq)...
1.2 ChIP-seq技术原理 2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制(data_assess) 2.3 比对到参考基因组(mapping_analysis) 2.4 搜峰(Peak_calling) MACS2 2.4.1 MACS2 核心: callpeak 用法 2.4.2 callpeak 结果文件说明 2.4.3 bdg file → wig file ...
1.使用prefetch从NCBI下载文章的数据列表,GSE14600,数据发表较早为单端测序数据 cat SRR_Acc_List.txt |while read id; do nohup prefetch $id & done 下载好的数据如下: 2.使用fastq-dump转化sra文件为fastq文件 ls *.sra|while read sra; do nohup fastq-dump --split-files $sra &done ...
一旦我们下载了原始 FASTQ 数据,我们就可以使用 ShortRead 包来检查我们的序列数据质量。 首先我们加载 ShortRead 库。 library(ShortRead) 我们将使用 ShortRead 包中的函数查看原始测序读数。这类似于我们为 RNAseq 执行的 QC。 不需要查看文件中的所有 reads 即可了解数据质量。我们可以简单地查看 reads 的子样本...
转录因子找靶标-ChIPseq结合过表达敲低RNAseq-下-数据使用说明, 视频播放量 5446、弹幕量 6、点赞数 78、投硬币枚数 32、收藏人数 310、转发人数 24, 视频作者 纪伟讲测序, 作者简介 ,相关视频:转录因子找靶标-ChIPseq结合过表达敲低RNAseq-上-分析思路,想通过单细胞数据
1、使用SRAtoolkit的prefetch命令下载SRA数据。 for i in `seq 35 47`; do prefetch SRR68359${i} done 1. 2. 3. 4. 2、使用SRAtoolkit的fastq-dump将SRA数据解析成fasta文件。 由于sra文件是单端测序(此处具体参考sratoolkit工具的操作说明),故而使用fastq-dump指令为: ...
ChIP-Atlas收集整理了SRA数据库中的大量chip_seq数据,并基于这些原始数据进行了后续分析,将分析结果整理成在线服务并发布,方便检索与查询,网址如下 https://chip-atlas.org/ 构建的流程如下 下载SRA原始数据,采用sratoolkit转换成fastq, 然后用bowtie2比对参考基...