为了更好地探究HOXD1作为LUAD转录因子可能调控的下游靶基因,作者在HOXD1过表达A549细胞中进行ChIP-seq。ChIP靶基因GO注释分析表明,HOXD1的靶序列在生物过程中富集最多(图6A-B)。靶基因KEGG富集通路见图6C。根据ChIP-seq分析结果,筛选了24个与细胞过程相关的靶基因。然后,使用RT-qPCR确认这些基因的表达。这些结果表...
通过这个例子我们可以看到，如果想要筛选一个转录因子结合的启动子是什么，可以用ChIP-seq的方法，筛选出来之后验证某个具体的启动子是否是该转录因子的靶启动子，用到的方法是ChIP-qPCR（本文献中写的是ChIP-PCR）的方法哦！5.3ChIP-seq研究核小体定位图谱 核小体定位影响转录因子（TFs）的结合位点和基因表达。对...
另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多个ChIP-Seq结果关联,用于计算ChIP-Seq表达谱和全ChIP-Seq覆盖度,在文章里就会看到下面这样的结果图: 将前面分析得到的Peak注释基因,还可以进行后续富集分析包括GO分析、KEGG分析等,落...
RNA-seq和ChIP-seq测序:分析GR和TET蛋白的共有靶基因。 药物再定位:利用Connectivity Map数据库,基于GR和TET2共有靶基因进行药物再定位分析。 结果图形 (1)GR表达作为糖皮质激素诱导细胞迁移的中介及其对结直肠癌患者生存的影响;与GC促进CRC细胞迁移相关的GR相关基因程序。
Western blot分析:检测蛋白表达水平。细胞迁移和侵袭实验:评估不同GR表达水平的CRC细胞系对地塞米松(Dex)治疗的迁移反应。共免疫沉淀(Co-IP):研究GR与TET家族蛋白之间的互作。RNA-seq和ChIP-seq测序:分析GR和TET蛋白的共有靶基因。药物再定位:利用Connectivity Map数据库,基于GR和TET2共有靶基因进行药物再定位分析。
RNA-seq和ChIP-seq测序:分析GR和TET蛋白的共有靶基因。 药物再定位:利用Connectivity Map数据库,基于GR和TET2共有靶基因进行药物再定位分析。 结果图形 (1)GR表达作为糖皮质激素诱导细胞迁移的中介及其对结直肠癌患者生存的影响;与GC促进CRC细胞迁移相关的GR相关基因程序。
当前超级增强子的鉴定主要通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq),首先通过ChIP-Seq分析这些增强子转录活性标记分子在基因组上的富集情况,确定活性增强子位点。之后再对所有活性增强子进行分析,鉴定得到超级增强子。通过与转录组测序数据进行关联分析,可发...
Myc的染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)分析揭示了Myc在双敲除年轻BM细胞中对Myc靶基因的富集增加,而Myc靶基因在双敲除的年轻BM细胞中上调。双敲除年轻BM细胞中WWOX的恢复降低了Myc蛋白水平。相对于单敲除年轻BM细胞,MCM7(Myc的一个已知靶基因)在双敲除年轻BM中上调。使用辛伐他汀(simvastatin)抑制MCM7表达导致双敲除...
图3:S.erythraea中BldD靶基因ChIP-seq分析。 peaks中心区域和TSS区域的ChIP-seq信号密度热图(±5 kb)。 S.erythraea ObldDK11Q(红色)和ObldD菌株(蓝色)的ChIP-seq信号。 BldD靶向启动子的ChIP-seq数据。ObldD(蓝色)、ObldDK11Q(红色)。绘图跨~2 kb的DNA序列。