将染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）测定的21个ABA相关转录因子在单个时间点的差异结合（DB）与来自时间序列RNA测序（RNA-seq）数据集的差异表达基因相结合，作者分析了转录因子的DB与靶基因的差异表达（DE）以及多TF结合的组合效应。这些数据集还为构建ABA TF网络和预测对ABA反应和相关环境胁迫重要的基因和顺式调节元...
而目前启动子区域没有明确定义,在基因内部或距离TSS 2.5kb的peak被认为是靶基因,所以我们在文章中经常可以看到统计reads 在TSS 2.5 kb以内富集强度的分析图:峰图(左)和热图(右) 另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多...
通过查看之前的ChIP-seq研究数据,发现 (1)这些不同组织之间关于GRHL2结合峰和候选靶基因一致的并不多,这表明GRHL2的调控具有组织特异性;(2)对于许多GRHL2靶基因的调控是并不是直接的,调控过程可能涉及到其他转录因子或表观遗传修饰因子。 乳腺癌是一种异质性疾病,管腔亚型占乳腺癌病例的大多数,可以通过靶向雌激素受...
图1 PpnCCT39 潜在调控靶基因及其功能富集的ChIP-seq分析 (2)DAP-seq DAP-seq是一种高效的体外鉴定转录因子结合位点的方法,通过将体外表达的转录因子和基因组DNA进行亲和纯化,然后洗脱与转录因子结合的DNA片段,进行高通量测序,从而获得目标转录因子的结合位点信息。
ChIP-seq鉴定的SARD1的候选靶基因之一是WRKY70（表1），它能够调节snc2-1D中水杨酸（Salicylic acid，SA）独立的防御反应(Zhang et al., 2010)。对抗HA抗体免疫沉淀的DNA进行定量PCR分析，证实WRKY70是SARD1的结合靶点（图7a）。在自身启动子表达CBP60g-HA融合蛋白的sard1cpb60g突变体植株中，病原体诱导的ICS1...
染色质免疫沉淀技术(ChIP)是在全基因组水平研究生命体组织或细胞内蛋白质与DNA相互作用的一种技术方法。CHIP又分为CHIP-qPCR(已知蛋白和靶序列)和CHIP-seq(已知蛋白和未知序列)。CHIP应用于检测与蛋白结合的DNA序列,常用于研究转录因子或组蛋白修饰。并且CHIP与其他方法的结合,扩大了其应用范围:CHIP与基因芯片相结合...
当前超级增强子的鉴定主要通过染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq),首先通过ChIP-Seq分析这些增强子转录活性标记分子在基因组上的富集情况,确定活性增强子位点。之后再对所有活性增强子进行分析,鉴定得到超级增强子。通过与转录组测序数据进行关联分析,可发现超级增强子所调控的靶基因。
Western blot分析:检测蛋白表达水平。细胞迁移和侵袭实验:评估不同GR表达水平的CRC细胞系对地塞米松(Dex)治疗的迁移反应。共免疫沉淀(Co-IP):研究GR与TET家族蛋白之间的互作。RNA-seq和ChIP-seq测序:分析GR和TET蛋白的共有靶基因。药物再定位:利用Connectivity Map数据库,基于GR和TET2共有靶基因进行药物再定位分析。
(D) ChIP-seq分析的基因组区域中NRF1靶基因启动子区域的代表性peaks。 (E) 用NRF1抗体或IgG对照对BV+PGCLC的免疫沉淀的基因组DNA进行实时PCR分析。数据以三次独立的生物学重复的平均值±SEM表示。*:p<0.05;**:p<0.01.***:p<0....