将染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）测定的21个ABA相关转录因子在单个时间点的差异结合（DB）与来自时间序列RNA测序（RNA-seq）数据集的差异表达基因相结合，作者分析了转录因子的DB与靶基因的差异表达（DE）以及多TF结合的组合效应。这些数据集还为构建ABA TF网络和预测对ABA反应和相关环境胁迫重要的基因和顺式调节元件提
利用ChIP-seq对PpnCCT39过表达杨树进行分析,确定了共17194个PpnCCT39的在靶基因,并通过结合RNA-seq结果分析,确定 PpnCCT39 直接刺激参与叶绿素生物合成和光合作用途径的三个关键基因的转录:PagHO1 、 PagLIL3 和 PagPYG7。
筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因的功能分析、差异peak关联基因的PPI分析、感兴趣目标区域的可视化展示 CHIP-seq&转录组学关联分析:Meta genes整体关联、peak关联基因与DEG对应关联、目标区域和靶基因的筛选 后期视情况是否需要下游实验设计验证TF结合/组...
在“ChIP-seq reveals broad roles of SARD1 and CBP60g in regulating plant immunity”一文中，作者通过染色质免疫沉淀测序发现，转录因子SARD1和CBP60g与大量编码植物免疫关键调控因子的基因启动子区结合。具体结果如下：在自身启动子下表达SARD1-HA融合蛋白的sard1 cpb60g突变株中，病原体诱导的ICS1表达恢复到与...
另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多个ChIP-Seq结果关联,用于计算ChIP-Seq表达谱和全ChIP-Seq覆盖度,在文章里就会看到下面这样的结果图: 将...
ChIP-seq 实验的用途涵盖：其一，可在全基因组范围内鉴定诸如转录因子、组蛋白修饰、染色质调控蛋白等与 DNA 的结合位点；其二，有助于剖析基因表达调控网络，比如筛选转录因子的靶基因；其三，能够用于研究表观遗传学修饰，像组蛋白甲基化、乙酰化位点的分布情况等。该实验的长处在于基于体内真实环境，具备高通量特性...
CHIP-seq&转录组学关联分析:Meta genes整体关联、peak关联基因与DEG对应关联、目标区域和靶基因的筛选 后期视情况是否需要下游实验设计验证TF结合/组蛋白修饰的目标区域和候选靶基因。 1、图谱分析 (1)peak/reads在基因组上的分布 Peak的分布就是蛋白与DNA互作图谱。
来自俄罗斯研究人员开发了基因转录调控数据库:GTRD(Gene Transcription Regulation Database),为转录调控研究提供最全面的ChIP-seq实验数据资源,并提供实用的转录因子与靶基因查询功能。其相关研究成果已发表在《Nucleic acids research》。 GTRD数据库内容及其衍生的信息资源 GTRD:基因转录调节数据库 ChIP-seq是一种广泛用于...
另外,我们在文章里还可以看到可能会对靶蛋白的亚基以及其他蛋白分别做了ChIP-Seq,然后画了很多韦恩图看不同蛋白的靶基因的相互关系,多个ChIP-Seq结果关联,用于计算ChIP-Seq表达谱和全ChIP-Seq覆盖度,在文章里就会看到下面这样的结果图: 将前面分析得到的Peak注释基因,还可以进行后续富集分析包括GO分析、KEGG分析等,落...
此外,这些假定的靶基因的表达可以通过RNA-seq、芯片或qPCR进一步验证。从ChIP-seq数据中搜索结合位点的共同基序可能会识别出TF的顺式调控元件,例如PRRs和PIFs的G-box (CACGTG),CCA1的EE (AAATATCT)。 2.2 全基因组组蛋白标记检测 组蛋白标记(如甲基...