■ 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。 ■ 筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因的功能分析、差异peak关联基因的P...
(2)差异peak基因-DEG对应关联:筛选关键目的基因: peak关联基因与差异表达基因的重叠分析。 peak关联基因可以是peak注释到启动子区,TSS±10kb区的基因,也可以来自已 知公共数据库的注释,如Human Enhancer Disease Database (HEDD)。 九象限图法 4、CHIP-seq数据挖掘思路 (1)整体把握CHIP-seq图谱特征 peak/reads在...
观察到的共同峰的差异被认为反映了两个样本之间ChIP-Seq信号的比例关系,可以应用于所有峰。 MANorm可以用于: 两个ChIP-seq样本的标准化 两个ChIP-seq样本的定量比较(差异分析) 评估蛋白质结合位点(峰)的重叠富集 阐明细胞类型特异性基因调控的潜在机制 二、安装 MAnorm需要Python 3.6+ pip install -U manorm #...
(2)差异peak基因-DEG对应关联:筛选关键目的基因: peak关联基因与差异表达基因的重叠分析。peak关联基因可以是peak注释到启动子区,TSS±10kb区的基因,也可以来自已 知公共数据库的注释,如Human Enhancer Disease Database (HEDD)。九象限图法 4、CHIP-seq数据挖掘思路 (1)整体把握CHIP-seq图谱特征 peak/reads在基因...
当样本之间的预期S/N值相似时,可以使用差异基因表达分析的统计方法。当样品最常见peaks的S/N相似时(如所有样本的单个抗体),也可以利用分位数归一化。如果样本的S/N变化很大(如有和无刺激),则考虑spike-in分析(也称校准分析),该方法在免疫沉淀之前或之后将不同物种的等量DNA添加到所有样本中,并根据衍生reads数...
感兴趣基因的差异peak展示 3、组学关联分析:CHIP-seq&转录组学 (1)Meta genes整体关联 距离TSS位点不同距离的peak注释到的基因的表达水平分析 不同表达水平的基因,peak的数量分布对比 转录水平倍数变化 vs. peak倍数变化 (2)差异peak基因-DEG对应关联:筛选关键目的基因 ...
1、确定转录因子在整个基因组上的结合位点，进一步分析结合位点的保守motif；2、确定转录因子调控的下游基因。Histone ChIP-seq适用场景：1、确定全基因组区域内组蛋白修饰位点情况；2、检测同一种组蛋白修饰在不同实验处理或不同发育时期的修饰差异，再结合转录组数据，考察该种组蛋白修饰对基因表达的调控作用；3、...
3、对表达矩阵进行差异表达分析,筛选出差异基因 以Pvalue<0.05&log2(Foldchange)>1为阈值,筛选差异表达基因。 setwd("D:/Rworkplace/HTseq ") geneexprSet<-read.table("microRNA.txt",header = T,sep = " ") dim(geneexprSet) TTest<-function(geneexprSet,numStart,numEnd){ ...
(4)超级增强子位点的分析与验证 图4:肿瘤特异性超级增强子在CRC中的作用 与超级增强子(SE)相关的基因按复发率排序。红点代表肿瘤特异性SE基因,蓝点代表癌旁组织特异性SE基因。列出了前10个肿瘤和癌旁组织特异性基因。在肿瘤和癌旁组织中获得的差异超级增强子位点(VSEL)的平均H3K27ac信号(RPM)。在肿瘤和癌旁组织...