观察到的共同峰的差异被认为反映了两个样本之间ChIP-Seq信号的比例关系,可以应用于所有峰。 MANorm可以用于: 两个ChIP-seq样本的标准化 两个ChIP-seq样本的定量比较(差异分析) 评估蛋白质结合位点(峰)的重叠富集 阐明细胞类型特异性基因调控的潜在机制 二、安装 MAnorm需要Python 3.6+ pip install -U manorm #...
染色质状态注释,也称为半自动基因组注释(semi-automated genomic annotation,SAGA),使用非监督学习方法,通过特异性表观基因组模式(如启动子,增强子,转录区域和抑制区域)对所有基因组区域进行分类。获得的簇(clusters)被注释为染色质状态,特异性区域分析(如增强子分析)缩小了待研究的目标基因组区域。而染色质状态注释使用...
观察到的共同峰的差异被认为反映了两个样本之间 ChIP-Seq 信号的比例关系,可以应用于所有峰。 MANorm可以用于: 两个ChIP-seq 样本的标准化 两个ChIP-seq 样本的定量比较(差异分析) 评估蛋白质结合位点(峰)的重叠富集 阐明细胞类型特异性基因调控的潜在机制...
这些参数是 Genrich 命令行工具的一部分,用于分析高通量测序数据以识别基因组上的显著富集区域(peaks)。下面是这些参数的详细解释: 必需的参数: -t <file>: 输入的 SAM/BAM 文件,包含实验样本的数据。 -o <file>: 输出文件,储存检测到的峰值,格式为 ENCODE narrowPeak。 可选的输入/输出参数: -c <file>:...
当样本之间的预期S/N值相似时,可以使用差异基因表达分析的统计方法。当样品最常见peaks的S/N相似时(如所有样本的单个抗体),也可以利用分位数归一化。如果样本的S/N变化很大(如有和无刺激),则考虑spike-in分析(也称校准分析),该方法在免疫沉淀之前或之后将不同物种的等量DNA添加到所有样本中,并根据衍生reads数...
■ 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。 ■ 筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因的功能分析、差异peak关联基因的...
当样本之间的预期S/N值相似时,可以使用差异基因表达分析的统计方法。当样品最常见peaks的S/N相似时(如所有样本的单个抗体),也可以利用分位数归一化。如果样本的S/N变化很大(如有和无刺激),则考虑spike-in分析(也称校准分析),该方法在免疫沉淀之前或之后将不同物种的等量DNA添加到所有样本中,并根据衍生reads数...
感兴趣基因的差异peak展示 3、组学关联分析:CHIP-seq&转录组学 (1)Meta genes整体关联 距离TSS位点不同距离的peak注释到的基因的表达水平分析 不同表达水平的基因,peak的数量分布对比 转录水平倍数变化 vs. peak倍数变化 (2)差异peak基因-DEG对应关联:筛选关键目的基因 ...
在不同的表观遗传修饰中,差异组蛋白修饰位点(DHMSs)是不同细胞类型、时期和环境影响时,表观遗传动态性质和基因表达调控的一个研究热点。为了测定全基因组的组蛋白修饰,ChIP-seq技术是一种有效的方法。因此,通过比较两个ChIP-seq文库可以识别潜在的DHMSs。 结果:我们的目的是识别DHMSs,提出一种称为ChIPDiff的方法...