第二种场景是假设一个样本中ChIP-seq峰值信号整体减少(以100:0的比例),如基因敲除或靶蛋白的药理抑制时经常看到的那样(Fig 1a下)。 Fig 1b 针对以上6(2*3)种情况利用DCSsim生成了模拟数据,在相同区间上利用DCSsub提取的真实的ChIP-seq数据(Fig 1b). Fig 1d 进行差异分析的软件可以分成两组,一组不需要提前...
2024年3月29日,江西农业大学黄路生院士团队利用292只猪肝脏的组蛋白H3第27位赖氨酸乙酰化(H3K27ac)的ChIP-seq数据注释了90991个高质量调控元件。结合基因组重测序和RNA-seq数据,共鉴定出28425个H3K27ac数量性状位点(acQTL)和12250个表达数量性状位点(eQTL)。通过等位基因不平衡分析在独立数据集中验证了两个因果性...
2024年3月29日,江西农业大学黄路生院士团队利用292只猪肝脏的组蛋白H3第27位赖氨酸乙酰化(H3K27ac)的ChIP-seq数据注释了90991个高质量调控元件。结合基因组重测序和RNA-seq数据,共鉴定出28425个H3K27ac数量性状位点(acQTL)和12250个表达数量性状位点(eQTL)。通过等位基因不平衡分析在独立数据集中验证了两个因果性...
如果想继续使用旧的应用程序,可以选择Docker、Singularity提供安全、奇异(https://sylabs.io/)的分析环境。 (2)从公共数据库中下载ChIP-seq数据 多个公共数据库可以下载组蛋白修饰ChIP-seq数据,如人内皮细胞表观基因组数据库,包含人体9种血管类型中获得的424个组蛋白修饰ChIP-seq和67个RNA-seq数据集,有包括reads...
ChIP-seq peaks也可用于功能富集分析。该分析将附近基因作为潜在靶点进行双向标记或定量排序,并通过GO或KEGG分析对其进行分组。 (11)染色质状态注释 染色质状态注释,也称为半自动基因组注释(semi-automated genomic annotation,SAGA),使用非监督学习方法,通过特异性表观基因组模式(如启动子,增强子,转录区域和抑制区域)...
2024年3月29日,江西农业大学黄路生院士团队利用292只猪肝脏的组蛋白H3第27位赖氨酸乙酰化(H3K27ac)的ChIP-seq数据注释了90991个高质量调控元件。结合基因组重测序和RNA-seq数据,共鉴定出28425个H3K27ac数量性状位点(acQTL)和12250个表达数量性状位点(eQTL)。通过等位基因不平衡分析在独立数据集中验证了两个因果性...
Genrich 是一个用于从高通量测序数据中识别基因组区域的显著富集(即peak calling)的生物信息学工具。它主要用于处理ChIP-seq(染色质免疫沉淀测序)、ATAC-seq(转座酶可及性测序)和DNAse-seq(DNase I敏感位点测序)等实验的数据。这些技术广泛用于研究蛋白质与DNA的相互作用以及染色质的开放性。
Chip差异Peak分析结果及报告 1. 概述 1.1. 背景及分析流程简介 为了理解细胞中更为复杂的生物过程,许多研究已在通过比较ChIP-seq的差异获得的不同数据。越来越多的ChIP-seq实验正在研究多种实验条件(例如各种治疗条件,几个不同的时间点和不同的治疗剂量水平)下的转录因子结合,组蛋白修饰的差异。差异富集在...
PhoB结合位点相对于ChIP-seq peaks中心区域位点分析。 ChIP-seq鉴定的PhoB结合位点的基因组背景饼图。“基因内和上游”位点是基因内但注释基因起始上游<200bp位点。 表1:ChIP-seq鉴定的PhoB结合区域列表 图3:ChIP-seq和ChIP-ChIP数据集比较分析 本研究ChIP-seq数据和已发表的ChIP-ChIP数据集之间的共有区域中,每个...
ChIP-seq peaks也可用于功能富集分析。该分析将附近基因作为潜在靶点进行双向标记或定量排序,并通过GO或KEGG分析对其进行分组。 (11)染色质状态注释 染色质状态注释,也称为半自动基因组注释(semi-automated genomic annotation,SAGA),使用非监督学习方法,通过特异性表观基因组模式(如启动子,增强子,转录区域和抑制区域)...