Chip-seq是实验前明确有一个感兴趣的转录因子,根据目标转录因子设计抗体去做Chip-seq实验拉DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq一般用于不知道特定的转录因子,是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,用这个技术方法与其他方法结合是想去筛感...
Chip-seq是实验前明确有一个感兴趣的转录因子,根据目标转录因子设计抗体去做Chip-seq实验拉DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq一般用于不知道特定的转录因子,是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,用这个技术方法与其他方法结合是想去筛感...
ChIP-Seq是揭示特定转录因子或蛋白复合物的结合区域,实际是研究DNA和蛋白质的相互作用,利用抗体将蛋白质和DNA一起富集,并对富集到的DNA进行测序。DNase-Seq、ATAC-Seq、DNase-Seq、FAIRE-Seq都是用来研究全基因组范围内检测染色质的开放程度,一般不知道对应的转录因子。DNase-Seq是用的DNase I内切酶识别开放染色质区...
ChIP-Seq是揭示特定转录因子或蛋白复合物的结合区域,实际是研究DNA和蛋白质的相互作用,利用抗体将蛋白质和DNA一起富集,并对富集到的DNA进行测序。DNase-Seq、ATAC-Seq、DNase-Seq、FAIRE-Seq都是用来研究全基因组范围内检测染色质的开放程度,一般不知道对应的转录因子。DNase-Seq是用的DNase I内切酶识别开放染色质区...
本研究通过ChIP-seq和ATAC-seq等组学测序分析,表明在机制上,JMJD3被KLF4特异性地招募至上皮和多能性基因位点,并辅助KLF4激活这些基因。进一步,作者在多种其他KLF4介导的细胞命运转变中验证了JMJD3的这一作用模式。 重编程过程中JMJD3与KLF4的协同作用 [8] ...
DNA与蛋白质互作(ChIP):提供组蛋白修饰、转录因子结合等抗体富集、建库测序、数据分析全流程服务。 具有细胞,动、植物组织,微生物(弓形虫、烟粉虱等)等不同样本富集建库经验。 转座酶可接近核染色质(ATAC-seq):可对细胞和组织样品,通过Tn5转座酶分析染色质可趋近性。
ChIP-Seq与ATAC-seq都是全基因组范围内检测染色质状态的技术，但它们的侧重点不同。ChIP-Seq侧重于研究特定转录因子或蛋白复合物的结合区域，而ATAC-seq则用于研究染色质的开放程度，通常不知道对应的转录因子。两者在实验原理、应用范围和优势上存在差异，选择使用哪一种技术取决于具体研究目的和实验需求。
DNase-Seq 是用的 DNase I 内切酶识别开放染色质区域,而 ATAC-seq 是用的 Tn5 转座酶,随后进行富集和扩增;FAIRE-Seq 是先进行超声裂解,然后用酚氯仿富集。 • MNase-Seq 是用来鉴定核小体区域。 ATAC-Seq 简介 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是 2013 ...
DAP-seq 与 CHIP-seq 的异同:CHIP-seq如上所述,是一种常见的用来发现转录因子结合位点的方法,但是,它有很强的局限性,例如:它很强地依赖于抗体的质量, 并且对发现低表达的蛋白有挑战。虽然ATAC-seq 可以更简单地来注释跨越许多生物体和细胞类型的全基因组调控元素。但是:如果没有对TF序列特异性的全面了解,所识...
厦门大学张永有教授在Molecular Biomedicine期刊上发表综述文章“Profiling chromatin regulatory landscape: insights into the development of ChIP-seq and ATAC-seq”,简要介绍了表观基因学的背景知识,综述了表观基因组学分析技术,尤其是ChIP-s...