本文作者首先利CRISPR-cas9和RNA-seq技术,从PTEN缺陷前列腺癌(PCa)细胞中筛选到了调控染色质重构的BRG1,接着利用一些列CoIP及Western实验验证了PTEN是通过PTEN/AKT/GSK3β/FBXW7轴来调控BRG1的泛素化降解,以此来调控BRG1的稳定性。然后,利用RNA-seq、ChIP-seq及ATAC-seq联合分析BRG1调控的下游靶基因,并进一步证明了...
3.1 ATAC-Seq与ChIP-Seq联合分析 我们可以根据ATAC-Seq预测到的转录因子的潜在结合区域,设计特异的蛋白,利用ChIP-Seq进行验证。 3.2 ATAC-Seq与转录组联合分析 ATAC-Seq具有时空特异性,联合转录组的测序结果,可以得到ATAC-Seq获得的Peaks所处的DNA序列区域,是否对应转录本的表达情况;也可得到转录本相关基因的上游调控...
ATAC-seq 技术常用于核小体定位,转录因子结合分析等研究。目前,分析表观遗传调控的形式经常将 ATAC-seq 与 RNA-seq、Chip-seq 联合分析,探究发生调控功能的关键转录因子,以及特定转录因子的靶基因。诺禾对于 ATAC-seq 技术有专业的分析团队,对于 ATAC 检测及分析需求,欢迎联系本地诺...
进一步进行ChIP-seq,通过2种测序结果联合分析,发现在染色质高开放性位点区域伴随着Nfib拷贝数量增多,且Nfib在侵袭性原发性肿瘤和转移性肿瘤内高表达,Nfib表现出维持染色质及远端调控区域开放和促进神经基因表达的功能,说明Nfib对促进癌细胞增殖和迁移具有重要的作用。 ATAC-seq与ChIP-seq联合分析...
fig3 Footprint分析示例图 关联思路一：ATAC-seq+转录组 确定（差异）开放区域且存在表达变化的基因 开...
与ChIP-seq、CUT&tag以及DAP-seq相比，并不需要有明确的转录因子或组蛋白修饰位点等。ATAC-seq在研究植物生长发育、组织分化和环境响应方面有着广泛的应用前景。今天的内容主要就是给大家介绍ATAC-seq在植物中应用的一些文献实例。别走开，正文马上就要开始啦！文献案例一 题目：ATAC-seq和RNA-seq联合揭示了AGL18在...
RNA-seq,ATAC-seq和ChIP-seq的联合分析表明,四个成员在早期SE中具有不同的H3K4me1结合峰,并且随着染色质可及性的增加而差异表达。对早期SE、不同组织和2,4-D处理下bZIPs表达的比较转录组分析表明,DlbZIP家族可能参与了龙眼早期SE的生长发育。qRT-PCR结果表明,DlbZIP家族受多种激素的影响,在吲哚-3-乙酸(IAA)...
在这项研究中,作者使用了多组学联合研究的方法,包括ATAC-seq(用于评估染色质可及性)、RNA-seq(用于分析基因表达)和ChIP-seq(用于研究组蛋白修饰),以揭示衰老进程,确定主要的调节元件和关键基因,并为衰老相关疾病的早期诊断与治疗提供新的靶标。 实验设计
本文作者首先利CRISPR-cas9和RNA-seq技术,从PTEN缺陷前列腺癌(PCa)细胞中筛选到了调控染色质重构的BRG1,接着利用一些列CoIP及Western实验验证了PTEN是通过PTEN/AKT/GSK3β/FBXW7轴来调控BRG1的泛素化降解,以此来调控BRG1的稳定性。然后,利用RNA-seq、ChIP-seq及ATAC-seq联合分析BRG1调控的下游靶基因,并进一步证明了...
ATAC-seq+ RNA-seq/ ChIP-seq关联分析 ATAC-seq 可以得到某一时空下全基因组染色质开放区域,RNA-seq可以得到同一时空下基因表达信息,通过联合两个组学数据,获得该时空下影响基因表达的的上游调控区域;并且调控元件富集数据与基因表达数据能互相验证。 ATAC-seq可以获得染色质开放区域中所有TF结合位点,ChIP-seq可以获得...