检测转录因子与靶启动子的特异结合。 ChIP-seq+转录组关联分析 ChIP-seq和转录组关联分析可以做以下2个方面的研究:1、DNA结合蛋白和基因表达调控:通过ChIP-seq技术可以确定DNA结合蛋白(如转录因子)的结合位点,然后与转录组数据结合分析,可以获得转录因子直接调控的靶基因,为全面理解转录因子调控功能提供依据。2、组蛋白...
通过这个例子我们可以看到，如果想要筛选一个转录因子结合的启动子是什么，可以用ChIP-seq的方法，筛选出来之后验证某个具体的启动子是否是该转录因子的靶启动子，用到的方法是ChIP-qPCR（本文献中写的是ChIP-PCR）的方法哦！5.3ChIP-seq研究核小体定位图谱 核小体定位影响转录因子（TFs）的结合位点和基因表达。对...
ChIP-seq鉴定的SARD1的候选靶基因之一是WRKY70(表1),它能够调节snc2-1D中水杨酸(Salicylic acid,SA)独立的防御反应(Zhang et al., 2010)。对抗HA抗体免疫沉淀的DNA进行定量PCR分析,证实WRKY70是SARD1的结合靶点(图7a)。在自身启动子表达CBP60g-HA融合蛋白的sard1cpb60g突变体植株中,病原体诱导的ICS1表达恢复...
本研究通过构建一个可追踪的骨肉瘤小鼠模型,研究了WWOX基因在骨肉瘤发展中的作用,尤其是Myc基因及其靶基因MCM7的调控机制。研究结果表明,BM MSC可能是骨肉瘤的起源细胞,且Myc和其靶基因可能是骨肉瘤发生的早期分子事件,这为骨肉瘤的早期诊断和治疗提供了新的视角。
(5)Belinostat处理诱导与癌症转移相关的靶基因下调。 图5 比较迁移(under-layer)细胞系模型中692个上调基因。 易小结: 本研究通过多学科方法整合分子生物学、转录组学、表观遗传学和药物发现,揭示了GCs通过GR和TET2的共同调控促进CRC转移的分子机制,并提出了belinostat作为潜在的辅助治疗手段,并为CRC的新药开发提供了...
RNA-seq和ChIP-seq测序:分析GR和TET蛋白的共有靶基因。 药物再定位:利用Connectivity Map数据库,基于GR和TET2共有靶基因进行药物再定位分析。 结果图形 (1)GR表达作为糖皮质激素诱导细胞迁移的中介及其对结直肠癌患者生存的影响;与GC促进CRC细胞迁移相关的GR相关基因程序。
本研究通过构建一个可追踪的骨肉瘤小鼠模型,研究了WWOX基因在骨肉瘤发展中的作用,尤其是Myc基因及其靶基因MCM7的调控机制。研究结果表明,BM MSC可能是骨肉瘤的起源细胞,且Myc和其靶基因可能是骨肉瘤发生的早期分子事件,这为骨肉瘤的早期诊断和治疗提供了新的视角。
(D) ChIP-seq分析的基因组区域中NRF1靶基因启动子区域的代表性peaks。 (E) 用NRF1抗体或IgG对照对BV+PGCLC的免疫沉淀的基因组DNA进行实时PCR分析。数据以三次独立的生物学重复的平均值±SEM表示。*:p<0.05;**:p<0.01.***:p<0.001。 关于易基因染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) ...
此前,我们分享了染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)的数据挖掘思路(👈点击查看详情),进而筛选出TF结合/组蛋白修饰的目标区域和候选靶基因。 做完ChIP-seq测序后,如果需要对分析结果中感兴趣的内容进行后期验证,则需要进行下游实验设计。ChIP-seq的...