顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10 基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPse...
通过整合H3K27M和野生型标本的转录组(RNA-seq)、增强子景观(ChIP-seq)、基因组结构(Hi-C)和染色质可及性(ATAC-seq)数据集,鉴定了特异性肿瘤增强子和已知癌基因的调控网络。并且识别了导致潜在增强子劫持和基因共放大的基因组结构变异,包括A2M、JAG2和FLRT1。从而判断在DIPG和GBM之间异常的致癌基因表达与其他区...
顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10 基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPse...
2024年3月29日,江西农业大学黄路生院士团队利用292只猪肝脏的组蛋白H3第27位赖氨酸乙酰化(H3K27ac)的ChIP-seq数据注释了90991个高质量调控元件。结合基因组重测序和RNA-seq数据,共鉴定出28425个H3K27ac数量性状位点(acQTL)和12250个表达数量性状位点(eQTL)。通过等位基因不平衡分析在独立数据集中验证了两个因果性...
遗传变异可以通过改变调控元件来改变基因表达,从而影响复杂性状。然而,影响猪调控元件活性的遗传变异很大程度上未知,这些变异在多大程度上影响基因表达和助力理解复杂表型仍不清楚。 2024年3月29日,江西农业大学黄路生院士团队利用292只猪肝脏的组蛋白H3第27位赖氨酸乙酰化(H3K27ac)的ChIP-seq数据注释了90991个高质量调...
最典型的对于转录因子,通常都是位于基因的启动子区;其次是邻近的基因的注释,蛋白结合到DNA上之后,主要是发挥基因表达调控的功能,这些peaks区域附近的基因就作为其候选的调控基因。 Motif(基序)分析:在ChIP-seq数据分析中,motif分析是一项重要的分析内容。通过motif分析,我们可以对转录因子结合位点的序列模式有进一步的...
ChIPseeker对ChIP-seq数据进行注释与可视化 Y叔开发的ChIPseeker包,主要是为了能对ChIP-seq数据进行注释与可视化,主要对peak位置及peak邻近基因的注释。然而,在之后对ChIPseeker的应用中,发现它不局限于ChIP-seq,可用于其他的peak(如ATAC-seq,DNase-seq等富集得到的)注释,甚至还可用于long intergenic non-coding RNAs (...
遗传变异可以通过改变调控元件来改变基因表达,从而影响复杂性状。然而,影响猪调控元件活性的遗传变异很大程度上未知,这些变异在多大程度上影响基因表达和助力理解复杂表型仍不清楚。 2024年3月29日,江西农业大学黄路生院士团队利用292只猪肝脏的组蛋白H3第27位赖氨酸乙酰化(H3K27ac)的ChIP-seq数据注释了90991个高质量调...
2024年3月29日,江西农业大学黄路生院士团队利用292只猪肝脏的组蛋白H3第27位赖氨酸乙酰化(H3K27ac)的ChIP-seq数据注释了90991个高质量调控元件。结合基因组重测序和RNA-seq数据,共鉴定出28425个H3K27ac数量性状位点(acQTL)和12250个表达数量性状位点(eQTL)。通过等位基因不平衡分析在独立数据集中验证了两个因果性...