转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10 基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 ...
Y叔开发的ChIPseeker包,主要是为了能对ChIP-seq数据进行注释与可视化,主要对peak位置及peak邻近基因的注释。然而,在之后对ChIPseeker的应用中,发现它不局限于ChIP-seq,可用于其他的peak(如ATAC-seq,DNase-seq等富集得到的)注释,甚至还可用于long intergenic non-coding RNAs (lincRNAs)的注释。该包功能强大之处还是在...
因此,我们强烈建议所有的测序数据,包括RNA-seq、ChIP-seq、m6A-seq等都使用同一套注释库进行注释分析,并在结果中明确说明所使用的注释库版本。这对于在不同公司,不同时间做的测序结果来说,是非常重要的。 由于上述所列在线工具都是N年前的,所以我们使用ChIPSeeker R包搭建了一个简易的在线peak注释工具,可以对人、...
结果中,注释了ChIP-seq峰结合的染色体位置、区段、基因名称、基因位置等信息。 对于基因组区域,基因启动子区、外显子或内含子区均有。后续就可以根据这些信息作一些筛选,例如ChIP-seq试验使用的蛋白如果是转录因子,那么通常就是在启动子区发挥作用,只关注启动子区的结合位点即可。 同时,ChIPseeker包中自带了一些可视化...
ChIP-seq分析进入尾声。 在文件目录复制R Project文件,直接打卡R即可定位到该文件夹,不用翻文件了。 QQ截图20220813191310.png 我们现在需要的是peaks目录下的.bed文件。(软件安装部分详见https://www.jianshu.com/p/be9f7b52d042) 结果的注释用的是Y叔的Chipseeker包。
学习linux常用命令,并且实战ChIP-seq已经一个月了。现在需要用R包ChIPseeker进行注释,发现R已经忘了大半。补课R语言。。对peak的注释分为两个部分——结构注释和功能注释 结构注释:会将peak所落在基因组上的区域结构注释出来,比如说启动子区域,UTR区域,内含子区域等等。同时,也会将与peak最临近的基因注释出来,非常...
ChIP-seq 分析:数据与Peak 基因注释(10) 动动发财的小手,点个赞吧! 1. 数据 今天,我们将继续回顾我们在上一次中研究的 Myc ChIPseq。这包括用于 MEL 和 Ch12 细胞系的 Myc ChIPseq。 可在此处找到 MEL 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件 可在此处找到 Ch12 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件...
经过前面的CHIP-seq测序数据处理的常规分析,我们已经成功的把测序仪下机数据变成了BED格式的peaks记录文件,我选取的这篇文章里面做了4次CHIP-seq实验,分别是两个重复的野生型MCF7细胞系的 BAF155 immunoprecipitates和两个重复的突变型MCF7细胞系的 BAF155 immunoprecipitates,这样通过比较野生型和突变型MCF7细胞系的...
在chip_seq数据分析中,peak calling是核心,得到peak区间之后,我们首先需要对peak进行注释。所谓的注释其实是一个比较宽泛的概念,其中包含了以下多种类型的注释信息 1. enrichment profile profile是一个生信分析中的高频词汇,在不同组学数据中有不同的含义,在这里代表的是peak区域的reads在基因组上的分布。最基础的注...