csAnno 对象包含有关基因的单个峰的注释信息。要从 csAnno 对象中提取它,ChIPseeker 函数 as.GRanges 或 as.data.frame 可用于生成具有峰及其相关基因的相应对象。 代码语言:javascript 复制 peakAnno_GR<-as.GRanges(peakAnno)peakAnno_DF<-as.data.frame(peakAnno)peakAnno_GR[1:2,] peakAnno_GR 3. 可视...
顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10 基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPse...
现在我们有了来自 ChIPseeker 的注释峰,我们可以使用 ChIPseeker 的一些绘图功能来显示基因特征中峰的分布。在这里,我们使用 plotAnnoBar 函数将其绘制为条形图,但 plotAnnoPie 会生成类似于饼图的图。 plotAnnoBar(peakAnno) 同样,我们可以绘制 TSS 站点周围峰值的分布。 plotDistToTSS(peakAnno) ChIPseeker 还可以...
首先视频免费共享在B站:【生信技能树】Chip-seq测序数据分析ChIP-SEQ实战演练的素材:链接:https://share.weiyun.com/53CwQ8B 密码:ju3rrh, 包括一些公司PPT,综述以及文献 ChIP-SEQ 实战演练的思维导图:文档链接:https://mubu.com/doc/11taEb9ZYg 密码:wk29 接下来是根据生信技能树课程、思维导图、PPT和综述...
转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 TS...
学习linux常用命令,并且实战ChIP-seq已经一个月了。现在需要用R包ChIPseeker进行注释,发现R已经忘了大半。补课R语言。。对peak的注释分为两个部分——结构注释和功能注释 结构注释:会将peak所落在基因组上的区域结构注释出来,比如说启动子区域,UTR区域,内含子区域等等。同时,也会将与peak最临近的基因注释出来,非常...
转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10 基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 ...
以下引自deeptools辅助CHIP-seq数据分析-可视化(http://www./2136.html) 第一个功能,把bam文件转换为bw格式文件: bamCoverage -b tmp.sorted.bam -o tmp.bw 里面有一个参数非常重要,就是--extendReads 在 macs软件里面也有,macs2 pileup --extsize 200 ,就算是你的reads长度可能不一致,是否需要把它们补齐...
将前面分析得到的Peak注释基因,还可以进行后续富集分析包括GO分析、KEGG分析等,落脚到基因的功能上来,那么在文章里你就会看到这样的图: 还有一种结果图,我们在做ChIP-seq的文章里也经常看到,就是转录因子结合序列的logo图: 与转录因子结合的...
ChIPseeker 可以用来对ChIP-seq数据进行注释与可视化,下面我们就来介绍一下如何用ChIPseeker对chip-seq数据进行可视化操作。 操作步骤 把所有sample_peaks文件放在工作路径下,格式为 #安装程序 #source("http://bioconductor.org/biocLite.R") #biocLite("ChIPseeker") ...