csAnno 对象包含有关基因的单个峰的注释信息。要从 csAnno 对象中提取它,ChIPseeker 函数 as.GRanges 或 as.data.frame 可用于生成具有峰及其相关基因的相应对象。 peakAnno_GR<-as.GRanges(peakAnno)peakAnno_DF<-as.data.frame(peakAnno)peakAnno_GR[1:2,] 3. 可视化 Peak 注释 现在我们有了来自 ChIPseeke...
以前客户要chip-seq峰图,用igv导出再p图,累得要命。以后就不用p图啦~
annotatePeak 函数接受要注释的区域的 GRanges 对象、基因位置的 TXDB 对象和要从中检索基因名称的数据库对象名称。 代码语言:javascript 复制 peakAnno<-annotatePeak(macsPeaks_GR,tssRegion=c(-500,500),TxDb=TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,annoDb="org.Mm.eg.db") peakAnno <- annotatePeak(macsPeaks_...
peakAnno_GR<-as.GRanges(peakAnno)peakAnno_DF<-as.data.frame(peakAnno)peakAnno_GR[1:2,] 3. 可视化 Peak 注释 现在我们有了来自 ChIPseeker 的注释峰,我们可以使用 ChIPseeker 的一些绘图功能来显示基因特征中峰的分布。在这里,我们使用 plotAnnoBar 函数将其绘制为条形图,但 plotAnnoPie 会生成类似于饼图...
peakAnno_GR 3. 可视化 Peak 注释 现在我们有了来自 ChIPseeker 的注释峰,我们可以使用 ChIPseeker 的一些绘图功能来显示基因特征中峰的分布。在这里,我们使用 plotAnnoBar 函数将其绘制为条形图,但 plotAnnoPie 会生成类似于饼图的图。 plotAnnoBar(peakAnno) ...
上面的批量代码其实就是为了统计全基因组范围的peak在基因特征的分布情况,也就是需要用到computeMatrix计算,用plotHeatmap以热图的方式对覆盖进行可视化,用plotProfile以折线图的方式展示覆盖情况。 computeMatrix具有两个模式:scale-region和reference-point。前者用来信号在一个区域内分布,后者查看信号相对于某一个点的分布...
Y叔开发的ChIPseeker包,主要是为了能对ChIP-seq数据进行注释与可视化,主要对peak位置及peak邻近基因的注释。然而,在之后对ChIPseeker的应用中,发现它不局限于ChIP-seq,可用于其他的peak(如ATAC-seq,DNase-seq等富集得到的)注释,甚至还可用于long intergenic non-coding RNAs (lincRNAs)的注释。该包功能强大之处还是在...
通常我们可以将ChIP-seq、MeRIP-seq、eccDNA等高通量测序的分析结果简化为染色体上的一些区域,即chr:start-end。将获得的结果在染色体上进行可视化不仅能够看出感兴趣区域的染色体分布和密度,而且能够展示多个条件下差异情况,非常形象。常见的展示方式有条形和圆形(circos)。今天我们来看下条形展示方式。
3. 可视化 Peak 注释 现在我们有了来自 ChIPseeker 的注释峰,我们可以使用 ChIPseeker 的一些绘图功能来显示基因特征中峰的分布。在这里,我们使用 plotAnnoBar 函数将其绘制为条形图,但 plotAnnoPie 会生成类似于饼图的图。 plotAnnoBar(peakAnno) plotAnnoBar ...
通常我们可以将ChIP-seq、MeRIP-seq、eccDNA等高通量测序的分析结果简化为染色体上的一些区域,即chr:start-end。将获得的结果在染色体上进行可视化不仅能够看出感兴趣区域的染色体分布和密度,而且能够展示多个条件下差异情况,非常形象。常见的展示方式有条形和圆形(circos)。今天我们来看下条形展示方式。