(2)差异peak基因-DEG对应关联:筛选关键目的基因 peak关联基因与差异表达基因的重叠分析。peak关联基因可以是peak注释到启动子区,TSS±10kb区的基因,也可以来自已 知公共数据库的注释,如Human Enhancer Disease Database (HEDD)。九象限图法 关于易基因染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin Im...
只要包含下面三点内容,理论上都是可以使用EnhancedVolcano这个R包去绘制火山图。 1) 行名是gene名字,miRNA名字或者peak名字等等,不能有重复 2) FDR,校正之后的p值 3) logFC,倍数改变 接下来我们看代码 peak=read.table("controlpeak.txt",header=T,row.names="Name",sep="\t")library(EnhancedVolcano)EnhancedV...
而我们通过ChIP-seq,对 Peak 区域鉴定 motif 序列,在序列片段的每个位置上,得到不同碱基的数量,形成一个矩阵,将得到的 motif 序列与 JASPAR 数据库进行比对,根据碱基数量权重,形成这样的logo图,字母越大的,说明这个位置是这个碱基的可能性更大,从而鉴定出靶蛋白binding的 motif。 基本上这就是ChIP-seq的全部流程,...
而我们通过ChIP-seq,对 Peak 区域鉴定 motif 序列,在序列片段的每个位置上,得到不同碱基的数量,形成一个矩阵,将得到的 motif 序列与 JASPAR 数据库进行比对,根据碱基数量权重,形成这样的logo图,字母越大的,说明这个位置是这个碱基的可能性...
chip-seq峰图(peak)可视化 以前客户要chip-seq峰图,用igv导出再p图,累得要命。以后就不用p图啦~
第七步,peaks-anno-dm6,自己走的流程,ChIP-Seq的peaks进行注释。 ##anno-for-each-bedbedPeaksFile='Ez_SppsKO_1_raw_peaks.narrowPeak';bedPeaksFile## loading packagesrequire(ChIPseeker)# BiocManager::install("TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene")# BiocManager::install("org.Dm.eg.db")require(TxD...
ChIP-seq结果绘图经典R包-ChIPseeker 导语 GUIDE ╲ ChIPseeker包的原创者是南方医科大学Y叔大佬,设计的最初目的是用于ChIP-seq数据的macs peak calling结果分析以及结果可视化,后来逐渐也适用于相关的peak分析(ATAC-seq,DNase-seq)。 背景介绍 今天小编给大家带来的是ChIP-seq数据分析中必备的R包--ChIPseeker的使用...
学习linux常用命令,并且实战ChIP-seq已经一个月了。现在需要用R包ChIPseeker进行注释,发现R已经忘了大半。补课R语言。。对peak的注释分为两个部分——结构注释和功能注释 结构注释:会将peak所落在基因组上的区域结构注释出来,比如说启动子区域,UTR区域,内含子区域等等。同时,也会将与peak最临近的基因注释出来,非常...
上图是一个H3K4me3组蛋白修饰的chip_seq结果,对于input样本,其累计分布曲线接近于对角线,之所以存在一定程度的偏离,是因为文库构建过程中并不是完全随机的,所以input样本也存在了一些富集区域,这些区域就是peak caling过程中的背景;还有一个注意的是,横坐标的起始位置部位0,这代表了基因组的覆盖度,理论上来讲应该是...
今天有个公众号粉丝问了小编一个问题,他想用前面讲过的EnhancedVolcano这个R包去绘制火山图来展示ChIP-Seq peak结果。这可让小编眼前一亮,也感到相当的欣慰。学以致用,举一反三才是学习的最终目的。接下来我们来看看这位粉丝的成果吧。 数据结构如下,由于数据是这位粉丝的,我就不提供完整的数据了。只要包含下面三...