chip-seq的分析可分为转录因子结合位点和组蛋白修饰位点分析。那么peak是测序的reads富集在基因组上的...
在chip_seq数据分析中,peak calling是核心,得到peak区间之后,我们首先需要对peak进行注释。所谓的注释其实是一个比较宽泛的概念,其中包含了以下多种类型的注释信息 1. enrichment profile profile是一个生信分析中的高频词汇,在不同组学数据中有不同的含义,在这里代表的是peak区域的reads在基因组上的分布。最基础的注...
l 不同于 ChIP-seq 直接获取蛋白结合位点的方法，ATAC-seq 主要是基于开放区域的模体（motif）基因序列...
chip-seq数据分析中peak-calling软件---MACS的安装 1.下载MACS软件安装包(作者的系统为Ubuntu) 网址链接:http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/ 2.解压文件: tar -zxvf MACS**.tar.gz 3.更改文件夹的名字(个人习惯) mv MACS1.1-4 MACS 4.进入到MACS软件包 cd MACS 5.利用超级权限进行安装(这样做的话,...
一般就是标注基因结构，宽的表示外显子，窄的表示内含子，箭头表示转录起点和方向。话说连这都没学过就...