首先视频免费共享在B站:【生信技能树】Chip-seq测序数据分析ChIP-SEQ实战演练的素材:链接:https://share.weiyun.com/53CwQ8B 密码:ju3rrh, 包括一些公司PPT,综述以及文献 ChIP-SEQ 实战演练的思维导图:文档链接:https://mubu.com/doc/11taEb9ZYg 密码:wk29 接下来是根据生信技能树课程、思维导图、PPT和综述...
ChIP-seq 分析:Peak 注释与可视化(9) 1. 基因注释 到目前为止,我们一直在处理对应于转录因子结合的 ChIPseq 峰。顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak...
一个实际的CHIP-seq数据分析例子:http://www.biologie.ens.fr/~mthomas/other/chip-seq-training/ CHIP-seq pipeline :http://www.slideshare.net/COST-events/chipseq-data-analysis 然后大家一定要看这个ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia.http://www.ncbi.nlm.nih.gov...
最近在忙一些chip-seq的数据分析项目,它的可视化展现比较复杂一点,自己写程序将会耗费挺长时间的,就想着利用现成的工具,前面试用了deeptools,挺好 的,但是有点慢,是python程序,如下: deeptools辅助CHIP-seq数据分析-可视化 现在换一个R程序,这个非常快速,而且绘图个人觉得稍微美观一点,大家也可以都试试看。 首先软件的...
deeptools辅助CHIP-seq数据分析-可视化 有很多读者来信,CHIP-seq数据比对后的bam文件如果根据基因组的所有基因来画热图,profile图呢? 这里隆重推荐deeptools这个软件: 第一个功能,把bam文件转换为bw格式文件: bamCoverage -b tmp.sorted.bam -o tmp.bw 里面有一个参数非常重要,就是--extendReads 在 macs软件里面也...
2023年chipseq数据的igv可视化分析最新文章查询,为您推荐chipseq数据的igv分析可视化等相关热门文章,爱企查企业服务平台为你提供企业服务相关专业知识,了解行业最新动态。
5-2是ChIP-Seq的细胞系、细胞种类、组织来源和病种。5-3是质量控制数据,一共有6个指标,绿色代表合格,红色代表出现问题。5-4是数据可视化浏览,可以再UCSC和WashU两个数据库中实现可视化,WashU我们后面的帖子还会详细介绍。5-5提供数据下载,包括BED文件(详细列出了每一个peak的位置信息和可信度,追踪研究reads到底...
ChIP-seq 分析:Peak 注释与可视化(9) 1. 基因注释 到目前为止,我们一直在处理对应于转录因子结合的 ChIPseq 峰。顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰:...
ChIP-seq 分析:Mapped 数据可视化(4) 1. Mapped reads 现在我们有了 BAM 文件的索引,我们可以使用 idxstatsBam() 函数检索和绘制映射读取的数量。 mappedReads<-idxstatsBam("SR_Myc_Mel_rep1.bam")TotalMapped<-sum(mappedReads[,"mapped"])ggplot(mappedReads,aes(x=seqnames,y=mapped))+geom_bar(stat="...
转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10 基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 TS...