ChIP-seq 分析:Peak 注释与可视化(9) 1. 基因注释 到目前为止,我们一直在处理对应于转录因子结合的 ChIPseq 峰。顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak...
首先视频免费共享在B站:【生信技能树】Chip-seq测序数据分析ChIP-SEQ实战演练的素材:链接:https://share.weiyun.com/53CwQ8B 密码:ju3rrh, 包括一些公司PPT,综述以及文献 ChIP-SEQ 实战演练的思维导图:文档链接:https://mubu.com/doc/11taEb9ZYg 密码:wk29 接下来是根据生信技能树课程、思维导图、PPT和综述...
还有一个java工具:也可以可视化CHIP-seq的peaks结果EXPANDER (EXpression Analyzer and DisplayER) is a java-based tool for analysis of gene expression data.http://acgt.cs.tau.ac.il/expander/help/ver7.0Help/html/Input_Data_.htm 然后来随意上传一张图片吧 然后我所了解的图片大概有下面这些,都是有专门...
Inspector一栏下方是数据分析栏Tools。QC reports中主要是各种质量报告参数(图6-1)。QC motif中提供了序列motif。这里多说两句,DNA序列的Motif指的是DNA上的反复出现的一种碱基排列模式,拥有潜在的生物学功能,ChIP-Seq中的Motif通常指可被特定蛋白结合,如TATA box中的“TATAAT”序列就是一种非常经典的DNA Motif。想...
5-2是ChIP-Seq的细胞系、细胞种类、组织来源和病种。5-3是质量控制数据,一共有6个指标,绿色代表合格,红色代表出现问题。5-4是数据可视化浏览,可以再UCSC和WashU两个数据库中实现可视化,WashU我们后面的帖子还会详细介绍。5-5提供数据下载,包括BED文件(详细列出了每一个peak的位置信息和可信度,追踪研究reads到底...
其次特别Nice的是给了所有分析脚本 链接:http://www.plantseq.org/tutorial 使用的软件 sratoolkit (v2.9.0) FastQC (v0.10.1) Bowtie2 (v2.3.4) samtools (v1.7) deeptools2 分析命令 $./fastq-dump-ISRRxxxxx(forsingle-endsequencing)$./fastq-dump-I--split-filesSRRxxxxx(forpair-endsequencing) ...
tar zxvf ngsplot.eg.bam.tar.gz ## 测试数据非常给力,清楚的说明了,CHIP-seq数据分析-可视化需要什么样的数据。 cp ../ngsplot/example/config.example.txt ./ ## 在后面的测试代码需要用 echo 'export PATH=/home/jianmingzeng/biosoft/ngsplot/ngsplot/bin:$PATH' >>~/.bashrc ...
deeptools辅助CHIP-seq数据分析-可视化 有很多读者来信,CHIP-seq数据比对后的bam文件如果根据基因组的所有基因来画热图,profile图呢? 这里隆重推荐deeptools这个软件: 第一个功能,把bam文件转换为bw格式文件: bamCoverage -b tmp.sorted.bam -o tmp.bw 里面有一个参数非常重要,就是--extendReads 在 macs软件里面也...
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