答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。" 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-seq/DAP-seq/...
首先视频免费共享在B站:【生信技能树】Chip-seq测序数据分析ChIP-SEQ实战演练的素材:链接:https://share.weiyun.com/53CwQ8B 密码:ju3rrh, 包括一些公司PPT,综述以及文献 ChIP-SEQ 实战演练的思维导图:文档链接:https://mubu.com/doc/11taEb9ZYg 密码:wk29 接下来是根据生信技能树课程、思维导图、PPT和综述...
ChIP-seq 分析:Peak 注释与可视化(9) 1. 基因注释 到目前为止,我们一直在处理对应于转录因子结合的 ChIPseq 峰。顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak...
图1.人类染色体 通常我们可以将ChIP-seq、MeRIP-seq、eccDNA等高通量测序的分析结果简化为染色体上的一些区域,即chr:start-end。将获得的结果在染色体上进行可视化不仅能够看出感兴趣区域的染色体分布和密度,而且能够展示多个条件下差异情况,非常形象。常见的展示方式有条形和圆形(circos)。今天我们来看下条形展示方式。
ChIP-seq 分析:Peak 注释与可视化(9) 1. 基因注释 到目前为止,我们一直在处理对应于转录因子结合的 ChIPseq 峰。顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰:...
(7)可视化 在为ChIP-seq数据开发了各种统计方法和质量指标后,reads分布的可视化检查可以有效直观地评估和分析所获得的数据。可以使用交互式可视化工具,如IGV或 SeqMonk。几个web服务器(如UCSC genome browser和WashU Epigenome browser)可以将获得的ChIP-seq结果与其他注释数据关联分析,如进化保守性和各种组织中的基因表达...
在为ChIP-seq数据开发了各种统计方法和质量指标后,reads分布的可视化检查可以有效直观地评估和分析所获得的数据。可以使用交互式可视化工具,如IGV或 SeqMonk。几个web服务器(如UCSC genome browser和WashU Epigenome browser)可以将获得的ChIP-seq结果与其他注释数据关联分析,如进化保守性和各种组织中的基因表达。
上一讲我们介绍了一文讲明白ChIP-seq(上):高分文章里为什么做ChIP-seq?,这一讲我们就要实践了,具体来跟着流程解读一下ChIP-seq的图。 得到了测序结果,后续就是分析,大体上分为4步: 一、测序数据质量控制 二、序列比对 三、Peak calli...
chip-seq峰图(peak)可视化 以前客户要chip-seq峰图,用igv导出再p图,累得要命。以后就不用p图啦~
source activate chipseq bamCoverage -e 170 -bs 10 -b ap2_chip_rep1_2_sorted.bam -o ap2_chip_rep1_2.bw # ap2_chip_rep1_2_sorted.bam是前期比对得到的BAM文件 得到的bw文件就可以送去IGV/Jbrowse进行可视化。 这里的参数仅使用了-e/--extendReads和-bs/--binSize即拓展了原来的read长度,且...