■ 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析。 ■ 筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因的功能分析、差异peak关联基因的P...
1. 寻找差异区域 然而,识别特定于细胞系或条件的峰并不能捕获表观遗传事件的全部变化。 为了识别表观遗传事件的差异,我们可以尝试量化 IP 样本中非冗余峰组中片段丰度的变化。我们首先必须建立一组区域,在这些区域中量化 IP ed 片段。 一种成熟的技术是产生一组非冗余峰,这些峰出现在至少一个被评估的实验条件的...
整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析 筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因的功能分析、差异peak关联基因的PPI分析、感...
整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因的功能分析、差异peak关联基因的PPI分析、感...
已知转录因子则分析该转录因子识别的序列特征。 (8)peak的基因注释和功能分析 ORA GSEA: 可以按照peak信号强度排序 2、差异peak分析 (1)非时间序列数据: (2)时间序列数据: (3)差异peak关联基因的PPI分析 感兴趣基因的差异peak展示 3、组学关联分析:CHIP-seq&转录组学 ...
peak关联基因与差异表达基因的重叠分析。 peak关联基因可以是peak注释到启动子区,TSS±10kb区的基因,也可以来自已 知公共数据库的注释,如Human Enhancer Disease Database (HEDD)。 九象限图法 关于易基因染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相...
因为我上面的样本是CK和treatment的，所以需要发现2个样本之间的差异peak。对于差异的peak我依旧用的是MACS2里面的bdgdiff包。具体命令如下：macs2 bdgdiff --t1 BZU2_treat_pileup.bdg --c1 BZU2_control_lambda.bdg --t2 CK_treat_pileup.bdg --c2 CK_control_lambda.bdg -l 120 --d1 ...
Genrich 是一个用于从高通量测序数据中识别基因组区域的显著富集(即peak calling)的生物信息学工具。它主要用于处理ChIP-seq(染色质免疫沉淀测序)、ATAC-seq(转座酶可及性测序)和DNAse-seq(DNase I敏感位点测序)等实验的数据。这些技术广泛用于研究蛋白质与DNA的相互作用以及染色质的开放性。
鉴定差异组蛋白修饰/蛋白结合位点也就是鉴定差异peak。如利用MACS2的bdgdiff鉴定差异peak。该软件根据一定的规则将两样本(无生物学重复)的peak进行比较,根据一定标准筛选,得到统计学显著的差异peak。 鉴定得到差异peak后,再利用R包ChIPseeker对得到的差...
因为我上面的样本是CK和treatment的,所以需要发现2个样本之间的差异peak。 对于差异的peak我依旧用的是MACS2里面的bdgdiff包。 具体命令如下: macs2 bdgdiff --t1 BZU2_treat_pileup.bdg --c1 BZU2_control_lambda.bdg --t2 CK_treat_pileup.bdg --c2 CK_control_lambda.bdg -l 120 --d1 4191608 --d...