但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
1. 寻找差异区域 然而,识别特定于细胞系或条件的峰并不能捕获表观遗传事件的全部变化。 为了识别表观遗传事件的差异,我们可以尝试量化 IP 样本中非冗余峰组中片段丰度的变化。 我们首先必须建立一组区域,在这些区域中量化 IP ed 片段。 一种成熟的技术是产生一组非冗余峰,这些峰出现在至少一个被评估的实验条件...
R0 h和R48 h之间的peak差异分析表明存在三个受感染调控的peak相关基因。本研究更好地了解SmTCP7a对青...
整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因的功能分析、差异peak关联基因的PPI分析、感...
2、差异peak分析 (1)非时间序列数据: (2)时间序列数据: (3)差异peak关联基因的PPI分析 感兴趣基因的差异peak展示 3、组学关联分析:CHIP-seq&转录组学 (1)Meta genes整体关联 距离TSS位点不同距离的peak注释到的基因的表达水平分析 不同表达水平的基因,peak的数量分布对比 ...
peakAnno_GR 3. 可视化 Peak 注释 现在我们有了来自 ChIPseeker 的注释峰,我们可以使用 ChIPseeker 的一些绘图功能来显示基因特征中峰的分布。在这里,我们使用 plotAnnoBar 函数将其绘制为条形图,但 plotAnnoPie 会生成类似于饼图的图。 代码语言:javascript ...
鉴定差异组蛋白修饰/蛋白结合位点也就是鉴定差异peak。如利用MACS2的bdgdiff鉴定差异peak。该软件根据一定的规则将两样本(无生物学重复)的peak进行比较,根据一定标准筛选,得到统计学显著的差异peak。 鉴定得到差异peak后,再利用R包ChIPseeker对得到的差...
转录因子的结合和组蛋白修饰,二者的峰形差异很明显:转录因子结合的特征峰,峰型高,而且窄;而组蛋白修饰结合的特征峰,峰型起伏,而且宽: 四、Peak annotation与可视化 包括基因组注释、GO分析、Pathway 分析、motif 查找等等,目前有的用Y叔的...
Genrich 是一个用于从高通量测序数据中识别基因组区域的显著富集(即peak calling)的生物信息学工具。它主要用于处理ChIP-seq(染色质免疫沉淀测序)、ATAC-seq(转座酶可及性测序)和DNAse-seq(DNase I敏感位点测序)等实验的数据。这些技术广泛用于研究蛋白质与DNA的相互作用以及染色质的开放性。 主要特点和功能: 处理...
已知转录因子则分析该转录因子识别的序列特征。 (8)peak的基因注释和功能分析 ORA GSEA: 可以按照peak信号强度排序 2、差异peak分析 (1)非时间序列数据: (2)时间序列数据: (3)差异peak关联基因的PPI分析 感兴趣基因的差异peak展示 3、组学关联分析:CHIP-seq&转录组学 ...