但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
通过差异Peak分析,我们得到了基因组范围内的差异Peak信息,为进一步得到差异Peak附近的临近基因信息,我们使用Chipseeker进行进一步注释,得到Peak所对应的临近注释基因,并给出Peak在Promoter的上下游3k,或之外的Intron、Exon等区域的位置及距离等信息的注释文件:Results/*DiffPeakInfo_FC2-q0.05_PeakAnno.xls。 Result...
比对后,比对到相同基因组位置的reads被过滤为冗余reads,去冗余后剩余的reads用于后续分析。 (5)Peak calling peak-calling可以鉴定基因组中显著富集位点(peaks)。peak-calling结果通常以BED格式呈现。尽管ChIP-seq peaks没有strand信息,但可以从基因信息中预测(如...
DESeq2 包包含一个工作流程,用于评估复制条件之间片段/读取丰度的局部变化。此工作流程包括标准化、方差估计、离群值移除/替换以及适用于高通量测序数据(即整数计数)的显着性测试。 要使用 DESeq2 工作流程,我们必须首先创建一个感兴趣条件的 data.frame,并将行名设置为我们的 BAM 文件名。
9. chip-seq2(查看peak、motif、peak注释)是【推荐课程】生物信息学【实战分析】的第9集视频,该合集共计20集,视频收藏或关注UP主,及时了解更多相关视频内容。
--c1, --t2, --c2是运行MACS2 callpeak时候的中间结果。--d1 --d2是运行macs callpeak过程中的输出中间结果。然后运行结束会有三个文件：其中：common文件输出的是2个peak中没有显著差异的peak；cond1是前面上调的peak；反之，cond2是下调的peak；文件中最后一列用来衡量peak之间的差异程度。
peak的差异分析 现目前并没有专门为ATAC-seq涉及的差异peak分析工具,目前的差异分析工具根据分析方法同样分为两类,分别是1.consensus peak和2.sliding window-based。对于前者包括HOMER、DBChip、DiffBind依赖于RNA-seq差异分析所需要的包,比如edgeR、DEseq2所作的分析。其中DiffBind或者DBChIP具有交集或者union的选项。
上一讲我们介绍了一文讲明白ChIP-seq(上):高分文章里为什么做ChIP-seq?,这一讲我们就要实践了,具体来跟着流程解读一下ChIP-seq的图。 得到了测序结果,后续就是分析,大体上分为4步: 一、测序数据质量控制 二、序列比对 三、Peak calli...
$ ./Genrich -t sample.bam -o sample.narrowPeak -v ATAC-seq分析模块 Genrich -t mysample.bam -o mysample.narrowPeak -f mysample.genrich.log -j -r -y -e MT -p 0.01 -j Use ATAC-seq mode (def. false) -d <int> Expand cut sites to <int> bp (def. 100) ...
ATAC-seq的分析流程: 1、数据预处理 (1)比对前质量控制:FastQC可用于在测序数据中可视化碱基质量得分、GC含量、序列长度分布等。 (2)原始序列比对:将过滤的read比对到参考基因组。 (3)比对后处理和质量控制: 比对后处理就是去除重复序列和细胞器序列。