因为我上面的样本是CK和treatment的,所以需要发现2个样本之间的差异peak。 对于差异的peak我依旧用的是MACS2里面的bdgdiff包。 具体命令如下: macs2 bdgdiff --t1 BZU2_treat_pileup.bdg --c1 BZU2_control_lambda.bdg --t2 CK_treat_pileup.bdg --c2 CK_control_lambda.bdg -l 120 --d1 4191608 --d...
因为我上面的样本是CK和treatment的，所以需要发现2个样本之间的差异peak。对于差异的peak我依旧用的是MACS2里面的bdgdiff包。具体命令如下：macs2 bdgdiff --t1 BZU2_treat_pileup.bdg --c1 BZU2_control_lambda.bdg --t2 CK_treat_pileup.bdg --c2 CK_control_lambda.bdg -l 120 --d1 41916...
1一个有关chip-seq的问题我想做测的2个chip-seq重复间的peak的相关性,用的是intersectBed -a a.bed -b b.bed -f 0.05 这样来找overlap的peak的个数,然后用 intersectBed -a a.bed -b b.bed -f 0.05 -v 来分别找sample1和sample2各自独有的peak数.再画维恩图看它们各自重叠的和非重叠的有多少, ...