顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10 基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPse...
ChIP-seq峰也可用于功能富集分析。该分析将附近的基因二元标记或定量排名为潜在靶标,并按基因本体或KEGG途径对它们进行分组。 12染色质状态注释 染色质状态注释,也称为半自动基因组注释(SAGA),使用无监督机器学习方法,通过特征表观基因组模式对所有基因组区域进行分类,例如启动子...
由于注释数据库频繁更新,如果你使用的注释还是N年前的,那么reviewer在公共数据库(例如UCSC、Ensembl、NCBI)上使用网站默认版本查询时,就有可能查不到你的基因,或者你N年前的数据,与新的数据联合分析时,由于使用的注释数据库不同,取交集时,会漏掉一些基因。因此,我们强烈建议所有的测序数据,包括RNA-seq、ChIP-seq、...
1. 数据 今天,我们将继续回顾我们在上一次中研究的 Myc ChIPseq。这包括用于 MEL 和 Ch12 细胞系的 Myc ChIPseq。 可在此处[1]找到 MEL 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件 可在此处[2]找到 Ch12 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件 在数据目录中,我们按照上一节中概述的处理步骤提供了来自 MACS2 的...
另一个思路是,通过ATAC-seq技术检测染色质开放区域的DNA,初步看一下分布在基因启动子区域的差异peak,随后进行RNA-seq实验,对差异peak注释基因与RNA差异表达基因的交集进行功能分析,以揭示其潜在的生物学功能,最终,结合实验进行验证,以确保研究结果的准确性。
表观遗传学是研究在DNA序列不发生改变的情况下,基因表达发生可遗传变化的科学。这一领域涵盖了多种技术手段,用于探索DNA甲基化、染色质结构、蛋白质-DNA相互作用、蛋白质-RNA相互作用以及基因表达的调控机制。 在研究某个转录因子的调控机制时,可以通过ATAC-seq来识别该转录因子可能结合的开放染色质区域,然后使用ChIP-...
ChIP-seq测序分析 Peak分析: Peak注释和分布分析,Peak关联基因的GO、KEGG的注释和富集分析, 转录因子和Motif分析等。 多样本差异分析:差异 Peak 分布情况统计,差异 Peak 关联基因GO、KEGG 功能注释与富集,转录因子预测,Motif 预测等。 · 后续验证 01 ChIP-qPCR ...
观察到的共同峰的差异被认为反映了两个样本之间ChIP-Seq信号的比例关系,可以应用于所有峰。 MANorm可以用于: 两个ChIP-seq样本的标准化 两个ChIP-seq样本的定量比较(差异分析) 评估蛋白质结合位点(峰)的重叠富集 阐明细胞类型特异性基因调控的潜在机制 二、安装 MAnorm需要Python 3.6+ pip install -U manorm #...
另一个思路是,通过ATAC-seq技术检测染色质开放区域的DNA,初步看一下分布在基因启动子区域的差异peak,随后进行RNA-seq实验,对差异peak注释基因与RNA差异表达基因的交集进行功能分析,以揭示其潜在的生物学功能,最终,结合实验进行验证,以确保研究结果的准确性。