[2] Carvalho, R.F., do Canto, L.M., Abildgaard, C. et al. Single-cell and bulk RNA sequencing reveal ligands and receptors associated with worse overall survival in serous ovarian cancer. Cell Commun Signal 20, 176 (2022). https://doi.org/10.1186/s12964-022-00991-4 往期scRNA+bulk ...
研究思路--bulk RNA-seq数据的前期探索之路(肿瘤及非肿瘤疾病皆适用) bulk RNA-seq数据分析:从全局水平筛选与疾病相关的差异表达基因、关键通路和可能的细胞群。这一步能够提供对疾病整体表达谱的初步认识。 scRNA-seq数据分析:进一步验证和细化在bulk RNA数据分析中发现的差异表达基因和通路。通过scRNA-seq数据,可以更...
今天小编和大家分析一篇2023年5月发表在《Cancer Cell International》(IF:6.4)期刊上的文章《Exploring the role of pyroptosis in shaping the tumor microenvironment of colorectal cancer by bulk and single-cell RNA sequencing》。 背景: 结直肠癌(CRC)是全球第三大常见肿瘤,其发病率紧随乳腺癌和肺癌之后。目前...
细胞成分主要集中在细胞外区域、转录因子复合物和染色质中(图 2C)。在分子功能类别中,差异 T 细胞标记基因主要与相同的蛋白质结合、信号受体结合和 DNA 结合转录激活因子活性、RNA 聚合酶 II 特异性相关(图 2D)。KEGG分析结果表明这些基因与癌症、人类T细胞白血病病毒1感染、细胞凋亡途径和IL-17信号通路显著相关(...
今天小编和大家分享一篇22年11月发表在Frontiers in Immunology(IF:8.786)杂志的文章《Identification and validation of a signature based on macrophage cell marker genes to predict recurrent miscarriage by integrated analysis of single-...
本期分享一篇整合单细胞和bulk-RNA seq数据分析的文章,揭示了抗原呈递和过程中的肿瘤相关成纤维细胞,并建立了前列腺癌的预测特征模型。文章于2024年1月发表于《Journal of Translational Medicine》,通讯作者为上海交通大学的韩邦旻教授,标题“Integrating single-cell and bulk RNA sequencing data unveils antigen presenta...
英文标题:Development of a CD8+ T cell associated signature for predicting the prognosis and immunological characteristics of gastric cancer by integrating single-cell and bulk RNA-sequencing 期刊:Sci Rep. 2024 Feb 24;14(1):4524. 影响因子:2区4.6 DOI: 10.1038/s41598-024-54273-9. 研究领域:免...
对illumina数据进行处理,利用 RNA-Seq 发现新的 RNA 变体和剪接位点,或量化 mRNA 以进行基因表达分析等。对两组或多组样本的转录组数据,通过差异表达分析和对所发现的差异表达基因集合进行功能富集分析以推断生物学功能。 数据准备: 数据下载: Humangenome(GRCh38/hg3):Index of /goldenPath/hg38/chromosomes (ucs...
1.Bulk RNA-seq是入门生物信息学的好途径,是学习后续进阶内容(如单细胞RNA-seq和空间RNA-seq)的基础,如果没有接触过Bulk RNA-seq,一开始就去学习单细胞RNA-seq,学习难度和成本会大大增加; 2.Bulk RNA-seq在过去、现在和未来的应用场景:十几年前Bulk RNA-seq刚出现的时候,简单测序和分析就可以发表一篇令人满意...
今天小编和大家分享一篇22年11月发表在Frontiers in Immunology(IF:8.786)杂志的文章《Identification and validation of a signature based on macrophage cell marker genes to predict recurrent miscarriage by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing》。作者通过单细胞和bulk RNA测序的联合分析,...