[2] Carvalho, R.F., do Canto, L.M., Abildgaard, C. et al. Single-cell and bulk RNA sequencing reveal ligands and receptors associated with worse overall survival in serous ovarian cancer. Cell Commun Signal 20, 176 (2022). https://doi.org/10.1186/s12964-022-00991-4 往期scRNA+bulk ...
研究思路--bulk RNA-seq数据的前期探索之路(肿瘤及非肿瘤疾病皆适用) bulk RNA-seq数据分析:从全局水平筛选与疾病相关的差异表达基因、关键通路和可能的细胞群。这一步能够提供对疾病整体表达谱的初步认识。 scRNA-seq数据分析:进一步验证和细化在bulk RNA数据分析中发现的差异表达基因和通路。通过scRNA-seq数据,可以更...
今天小编和大家分析一篇2023年5月发表在《Cancer Cell International》(IF:6.4)期刊上的文章《Exploring the role of pyroptosis in shaping the tumor microenvironment of colorectal cancer by bulk and single-cell RNA sequencing》。 背景: 结直肠癌(CRC)是全球第三大常见肿瘤,其发病率紧随乳腺癌和肺癌之后。目前...
细胞成分主要集中在细胞外区域、转录因子复合物和染色质中(图 2C)。在分子功能类别中,差异 T 细胞标记基因主要与相同的蛋白质结合、信号受体结合和 DNA 结合转录激活因子活性、RNA 聚合酶 II 特异性相关(图 2D)。KEGG分析结果表明这些基因与癌症、人类T细胞白血病病毒1感染、细胞凋亡途径和IL-17信号通路显著相关(...
今天小编和大家分享一篇22年11月发表在Frontiers in Immunology(IF:8.786)杂志的文章《Identification and validation of a signature based on macrophage cell marker genes to predict recurrent miscarriage by integrated analysis of single-...
文章标题:Key Cell Types and Biomarkers in Heart Failure Identified through Analysis of Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Data【整合单细胞和bulk RNA数据确定心力衰竭中的关键细胞类型和生物标志物】 发表时间:2023-12-26 发表杂志:Mediators of Inflammation ...
本期分享一篇整合单细胞和bulk-RNA seq数据分析的文章,揭示了抗原呈递和过程中的肿瘤相关成纤维细胞,并建立了前列腺癌的预测特征模型。文章于2024年1月发表于《Journal of Translational Medicine》,通讯作者为上海交通大学的韩邦旻教授,标题“Integrating single-cell and bulk RNA sequencing data unveils antigen presenta...
对illumina数据进行处理,利用 RNA-Seq 发现新的 RNA 变体和剪接位点,或量化 mRNA 以进行基因表达分析等。对两组或多组样本的转录组数据,通过差异表达分析和对所发现的差异表达基因集合进行功能富集分析以推断生物学功能。 数据准备: 数据下载: Humangenome(GRCh38/hg3):Index of /goldenPath/hg38/chromosomes (ucs...
Bulk RNAseq studies average global gene expression, scRNAseq investigates single cell RNA biology up to 20,000 individual cells simultaneously, while spRNAseq has ability to dissect RNA activities spatially, representing next generation of RNA sequencing. This article highlights these technologies, ...
今天跟大家分享一篇结合单核细胞、单细胞以及组织样的RNA测序数据综合分析探究肝细胞癌细胞类型及其与患者预后关系的纯生信高分文章,文章题目:Human liver single nucleus and single cell RNA sequencing identify a hepatocellular carcinoma-associated cell-type affecting survival. ...