单细胞数据虽然提高了信息挖掘的颗粒度,但是经常比较遗憾的是没有一些的临床信息(如治疗响应、耐药、复发信息等),因此scRNA-seq与bulk RNA-seq联合分析应运而生,既满足临床问题的研究可行性又对齐了颗粒度。 说到scRNA-seq与bulk RNA-seq数据的联合分析,就不得不提及到Scissor这个利器了,该软件于2021年发表在神刊...
经过蛋白质网络互作分析( PPI教程:String:不仅仅是一个PPI分析平台.),作者筛选出了一些核心基因用于下游的生存分析,并发现了显著的差异。 为了验证PKP1在bulk RNA-Seq的详细分布信息,作者挖掘了鼻咽癌scRNA-Seq数据,发现PKP1在上皮细胞中表达并通过免疫组化的方式加以验证(又是Biomamba羡慕的,好想要临床样本): 紧...
因此,探讨焦亡在CRC中的作用,可为深入了解CRC预后机制和抗肿瘤免疫活性提供新的视角。本研究通过bulk RNA-seq和scRNA-seq研究了焦亡在CRC中的作用,为探索CRC的治疗提供了新的视角。 研究流程图: 研究流程图 方法: 1、CRC与正常样本差异焦亡相关基因的鉴定 2、焦亡相关风险模型的构建 3、不同焦亡风险评分(PRS)的C...
scRNA-seq和BulkRNA-seq是转录组学的两个重要分支，所以它们的联合分析是以验证性为主。将二者联合分析作为验证，基于表达模式相关性，利用 Bulk RNA-Seq 数据进行评估，明确单细胞测序分析结果的准确性，或者两种测序结果也可以相互印证。接下来一起看看Bulk RNA-seq& scRNA-seq有哪些？在文章中是如何应用的？No.1...
作者通过开发了一个反卷积方法ProM将scRNA-seq和bulk RNA-seq数据进行整合。并通过多种方法验证其性能。作者通过上述方法发现UC患者上皮细胞和成纤维细胞亚群的异质性。并系统地识别并验证了与治疗反应和耐药性相关的细胞亚群。除此之外，作者还揭示了TME中的协调免疫网络，并说明了这些细胞类型主要富集于低氧通路以及对...
scRNA-seq是当下的顶流,如何简单验证包括细胞通讯在内的结果也是需要考虑的问题。常见方法如: 1.qPCR验证。验证目标细胞类型中marker基因表达。 2.免疫组化IHC验证。验证目标基因的蛋白表达差异。 3.细胞流式验证。流式分选目标细胞,验证细胞类型。 4.Bulk RNA-seq验证。对流式分选出的细胞进行bulk测序,统计和比较...
文章利用单细胞数据筛选T细胞亚群和标记基因,然后利用标记基因在bulk-RNA数据中建模并分析,纯生信就轻松拿下6分+的文章,创新性足足的!还是那句话,还在观望的小伙伴,看到这个思路心动的话就快行动起来吧!发文好时机可不等人哦~ ~ l 题目:单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq的综合分析揭示了三阴性乳腺癌中T细胞相关的...
本篇文章的研究思路大体可以分为三个模块:(1)基于单细胞测序数据进行细胞群鉴定及基质细胞亚群细分;(2)流式细胞仪分离、免疫荧光等实验验证单细胞数据分析结果;(3)基于bulk RNA-seq数据探究基质细胞与免疫逃逸的关系。小编觉得本篇文章将scRNA-seq与bulk RNA-seq数据完美结合,先通过scRNA-seq数据鉴定到基质细胞亚型...
单细胞RNA-seq（scRNA-seq）能够发现有关细胞转录组异质性的信息和潜在的基因表达分布。在本研究中，作者使用scRNA-seq和批量RNA-seq数据进行了系统生物信息学分析，以构建BLCA患者的预后模型，并有两个外部验证队列来验证其分层风险的能力。同时概述了免疫渗透景观，并确定了它如何促进BLCA的发展。此外作者探究了风险...
scRNA-seq不仅可以系统地测量肿瘤中存在的细胞类型,还可以测量它们的基因表达状态。尽管scRNA-seq提供了正确的数据模式,但目前的研究还没有足够大的样本量来解决这些问题。除此之外,虽然可用的bulk RNA-seq数据集可达上千个,但它们只能提供关于各种恶性肿瘤中整个细胞环境中少量的信息。本文利用了两种基因组资源,开发了...