相比起来,ATAC-seq 是用 Tn5 转座酶,操作起来也更加简单,重复性好,而且最重要的一点是实验只需要很少的细胞/组织量,出来的信号也更加漂亮,所以 ATAC-seq 目前已经是研究染色质开放性首选的技术方法。 ATAC-seq 技术 ATAC-seq 技术用到了一个转座酶 Tn5:DNA 转座是一种由 DNA 转座酶介导,把 DNA 序列从染色体...
因其能够提供全基因组范围内染色质状态的视图,ATAC-seq技术在表观遗传学、转录调控和细胞命运决定等领域得到了广泛应用。研究人员可以利用ATAC-seq更深入地理解基因表达的调控机制,以及在不同生物学条件或发育阶段下染色质状态的变化。随着技术的发展,ATAC-seq也在植物学研究中被用于分析植物生长和发育过程中染色质开放...
通过这些优势,ATAC-seq成为了研究基因表观遗传学的一项强大工具,为科学家们提供了深入理解生物体基因调控机制的可能。 三、ATAC-seq应用场景 ATAC-seq的应用领域非常广泛,其核心优势在于能够在不需要大量细胞样本的情况下,快速、高效地提供全基因组水平的染色质可及性信息。这使得ATAC-seq成为连接遗传变异、表观遗传修...
ATAC-Seq技术本身也会随着其它技术的不断发展而得到新的应用,比如将单细胞测序技术与其相结合的scATAC-Seq,是ATAC-Seq现阶段一个新的进展。 使用ATAC-Seq技术我们可以解决多种问题,如重大疾病发病机制研究;寻找疾病的染色质开放区域差异;研究转录因子结合调控的差异;识别发育过程中的新型增强子;进行核小体定位等。 另...
ATAC-seq能够检测到微弱的信号,有助于发现低丰度的调控元件。 操作简便 相比于其他染色质开放性分析技术,ATAC-seq的操作流程更为简便快捷,大大缩短了实验时间。 ATAC-seq作为一种新兴的表观遗传学研究工具,以其对样本要求低、高通量、高灵敏度和操作简便的特点,为科研人员提供了一个强有力的工具来探索染色质开放...
单细胞ATAC-seq技术,顾名思义就是在单细胞水平上的ATAC-seq技术,它兼具单细胞技术的高分辨率及ATAC-seq的优势,是目前研究基因表观组学的热门技术。ATAC-seq的全称是Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,是基于高通量测序对开放性染色质(open chromatin)进行研究的技术。
ATAC-seq,全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughout sequencing,即转座酶可接近染色质测序,是一种创新的表观遗传学研究技术。ATAC-seq的核心技术酶--转座酶Tn5可以把DNA序列进行随机打断,将测序接头直接插入到开放...
ATAC产品简介 ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)使用高通量测序对Tn5转座酶易接近性核染色质区域进行测序分析,是一种表观遗传学研究技术。通过ATAC-seq测序可以得到全基因组范围内的染色质可及性图谱,获得所有活跃的调控序列,如潜在的活跃转录因子及靶基因。
现在我们有了索引,我们可以比对我们的 ATACseq 读数。由于 ATACseq 数据通常是双端测序,我们需要对比对步骤进行一些小的调整。 双端测序数据通常以两个文件的形式出现,通常在文件名中带有_1和_2或_R1和_R2来表示一个文件是成对的数字。 代码语言:text ...
Atac-seq技术基于转座酶与DNA结合并转座到暴露的染色质区域的原理。转座酶是一种可以特异性地结合到一些DNA序列并切割DNA的酶,常用的转座酶是Tn5转座酶。通过将DNA与转座酶一起处理,可以将转座酶结合到染色质上的暴露区域。 Atac-seq的实验步骤如下: 1.细胞固定和裂解:首先,将待研究的细胞固定在生长条件下,并用...