ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin high throughput sequencing)是一种高通量的分子生物学技术,是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色体上的开放染色质区域即染色质可及性。 原理:利用转座酶Tn5可结合开放染色质的性质,使用Tn5酶捕获DNA序列,进而上机测序。
特别是,通过与Hi-C、ChIP-seq、RNA-seq等技术的联合应用,ATAC-seq能够提供更全面的视角来理解基因组的空间组织和基因表达的多层次调控。这些研究结果不仅增进了我们对植物生命过程的认识,而且为作物改良和分子育种提供了新的策略和潜在靶点。随着技术的不断进步和应用的深入,未来ATAC-seq将在植物科学研究中发挥更加重...
ATAC-seq,全称 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,是 2013 年由斯坦福大学 William J. Greenleaf 和 Howard Y. Chang 实验室开发的用来研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 真核生物的核 DNA 并不是裸露的,而是组蛋白与之结合。DNA 一圈一圈地缠绕在...
atac-see原理 ATAC-Seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)即染色质可及性高通量测序技术,其原理主要基于转座酶可以特异性地结合在染色质开放区域这一特性,具体如下: 1. 染色质开放区域与转座酶的结合。 染色质的结构是动态变化的,在基因组中,有一些区域的染色质结构较为...
ATAC-seq原理: 利用转座酶Tn5可结合开放染色质的性质,使用Tn5酶捕获DNA序列,进而上机测序。 1、DNA与组蛋白结合后形成核小体,核小体再进一步折叠压缩后最终形成染色质。DNA的复制和转录都需要将染色质紧密结构打开,从而允许调控因子结合DNA。这部分被打开的染色质,就叫开放染色质区域(Open Chromation region,OCR)。
ATAC-Seq的原理 细菌转座酶Tn5在二代测序的建库中已有广泛应用,借助二聚体Tn5独特的“标记”功能,可以切割双链DNA并将得到的DNA末端连接到特定的接头上。ATAC-Seq也是利用Tn5转座酶技术,转座酶可以结合到染色质的开放区域并进行切割打断,而螺旋缠绕的部分不会受到转座酶的影响。把这些被切割打断后的DNA收集在一起进...
ATAC-Seq就是在这种情况下诞生的！ATAC-seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写，最早是由斯坦福大学的Howard Chang和William Greenleaf实验室的首席研究员Jason Buenrostro于2013年在Nature Methods首次发表。3、ATAC-seq的原理及过程 ATAC-seq是一种研究表观遗传的创新...
ATAC-seq是一种结合了转座酶和高通量测序的技术。其基本原理是利用转座酶对染色质进行切割,识别并切割开放染色质区域的DNA,然后对这些切割后的DNA片段进行建库和测序。通过对测序数据进行生物信息学分析,研究人员可以识别基因组中染色质开放的区域,进而推断出转录因子结合位点和调控元件。
Atac-seq技术基于转座酶与DNA结合并转座到暴露的染色质区域的原理。转座酶是一种可以特异性地结合到一些DNA序列并切割DNA的酶,常用的转座酶是Tn5转座酶。通过将DNA与转座酶一起处理,可以将转座酶结合到染色质上的暴露区域。 Atac-seq的实验步骤如下: 1.细胞固定和裂解:首先,将待研究的细胞固定在生长条件下,并用...