由于Tn5 转座酶优先攻击染色质开放区,酶切片段的长度分布可以反映ATAC-seq实验中Tn5酶用量是否合适。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-seq 插入片段应该在约 <100、200、400、60...
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
虽然FAIRE-seq 不依赖酶和抗体,但其检测背景较高,测序信噪比低,甲醛交联时间不好把握等缺陷,限制其使用范围。 图1ATAC-seq原理示意图 Q:有什么新技术方法来研究开放染色质? A:新推出的ATAC-seq利用Tn5转座酶(DNA转座,是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象,这一过程就由转座酶参与完成。T...
2、ATAC-seq在再生研究中的应用 图3.蠕虫基因组揭示了全身再生的调控图谱变化 愈伤组织的器官再生能力是动植物再生领域的核心科学问题之一。2019年,研究人员以三带黑豹蠕虫为模型,基于从头组装的参考基因组,利用ATAC-seq技术,绘制了再生过程中染色质可及性的动态变化图谱。主要研究结论:1、组装了高质量三带黑豹蠕虫参...
ATAC-seq是研究染色质构象的常用手段之一，其原理是通过Tn5转座酶在细胞核内的染色质DNA上进行随机转座，转座成功的DNA被加上测序用接头序列，通过PCR扩增、高通量测序和生物信息学分析，染色质开放区域会产生测序reads，而染色质紧缩区域则无测序reads产生：染色质开放程度越高，其测序信号越强。图 ATAC-seq概述（...
ATAC-seq,全称Assay forTransposase-AccessibleChromatin with high throughput sequencing,是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用来研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 ATAC-seq的原理是啥 要理解这项技术...
ATAC-seq技术原理示意图 酶切片段长度分布 由于Tn5 转座酶优先攻击染色质开放区,酶切片段的长度分布可以反映ATAC-seq实验中Tn5酶用量是否合适。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-...
ATAC-seq最近几年是比较火的一种测序技术。那什么是ATAC-seq技术呢?ATAC-seq的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing, 运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的实验。 真核生物的DNA并不是裸露的, 由组蛋白与之结合。DNA缠绕在组蛋白上,形成串珠式结构。这样的结构进一步折叠,并在其它蛋...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。
ATAC-seq原理和结果示例 DNA转座,是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象,由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA,也是需要插入位点的染色质是开放的,否则无法插入。 如上图a,转座酶Tn5(Tn5工作原理:剪切 粘贴)容易结合在开放染色质上,可人为地将携带已知DNA序列标签的转座复合物(即带着红色蓝色...