一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应...
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
ChIP-seq和ATAC-seq在TF或者Tn5结合区域都会形成一个双峰的reads结合模式,ChIP-seq是由于TF一起沉淀下来的DNA片段一般会大于TF的结合区域,read的位置并不是真实的TF结合的位置,需要向内shift; 而ATAC-seq建模的时候也需要shift,使两个“相邻”的峰shift成一个峰,但是要往两边shift. 以下图CTCF为例,ChIP-seq的峰...
2013年,美国斯坦福大学Howard Y. Chang研究团队开发了用于研究染色质可及性的方法ATAC-seq,其原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。ATAC-seq由于所需细胞量少,实验简单,可在全基因组范围内检测染色质可及性,已成为相关研究的首选技术方法。 技术原理 ATAC-seq的核心...
ATAC-seq,全称 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,是 2013 年由斯坦福大学 William J. Greenleaf 和 Howard Y. Chang 实验室开发的用来研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 真核生物的核 DNA 并不是裸露的,而是组蛋白与之结合。DNA 一圈一圈地缠绕在...
ATAC-seq(Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing)是一种快速检测方法,可通过识别具有开放或可及状态的染色质区域来分析整个基因组的表观遗传概况。 ATAC-Seq实验仅需要约50,000个细胞作为起始样本,且实验步骤相对较为简单,是开始表观遗传研究的一种非常高效的方法。
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。
图1染色质结构 原理说起来很简单,但是实验细节非常繁多,稍有不慎,便很难拿到理想的实验结果。 首先是样本制备,和常规技术如转录组、Lnc等的样本制备略微不同,ATAC-seq技术需要的样本建议使用梯度降温法进行冻存,我们以细胞样本为例: 1细胞类型:常见的悬浮细胞系正常离心收集弃去培养...
ATAC-Seq实验原理 ATAC-Seq技术的原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。DNA转座，是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象，由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA，也是需要插入位点的染色质是开放的，否则就会被高级结构给卡住。转座酶可以随机结合...