ATAC-Seq技术的原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。DNA转座，是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象，由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA，也是需要插入位点的染色质是开放的，否则就会被高级结构给卡住。转座酶可以随机结合并切割染色质开放区的DNA，并且可
ATAC-seq原理和结果示例 DNA转座,是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象,由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA,也是需要插入位点的染色质是开放的,否则就会被一大坨高级结构给卡住。 那么,如上图a,我们只要人为地,将携带已知DNA序列标签的转座复合物(即带着红色蓝色测序标签的转座酶Tn5),加入...
ATAC-seq方法最初是作为微球菌核酸酶测序（MNase-seq）、甲醛辅助的调控元件分离（FAIRE-seq）和脱氧核糖核酸酶I测序（DNase-seq）的替代方法或补充开发出来的（表1）。对于MNase-seq和DNase-seq，当DNA和组蛋白的聚集减少时，未被保护的DNA暴露出来，这样就可以被DNA酶如MNase和DNase酶切割。通过对切割的DNA片段进...
ATAC-seq是一种结合了转座酶和高通量测序的技术。其基本原理是利用转座酶对染色质进行切割,识别并切割开放染色质区域的DNA,然后对这些切割后的DNA片段进行建库和测序。通过对测序数据进行生物信息学分析,研究人员可以识别基因组中染色质开放的区域,进而推断出转录因子结合位点和调控元件。 ATAC-seq技术的应用范围广泛,它...
ATAC-seq,全称Assay forTransposase-AccessibleChromatin with high throughput sequencing,是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用来研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 ATAC-seq的原理是啥 要理解这项技术...
ATAC-Seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。ATAC-Seq方法依赖于使用高活性转座酶Tn5的下一代测序(NGS)文库的构建。 将NGS接头连接到转座酶上,该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过NGS测序,并使用生物信息学分析具...
ATAC-Seq的原理 细菌转座酶Tn5在二代测序的建库中已有广泛应用,借助二聚体Tn5独特的“标记”功能,可以切割双链DNA并将得到的DNA末端连接到特定的接头上。ATAC-Seq也是利用Tn5转座酶技术,转座酶可以结合到染色质的开放区域并进行切割打断,而螺旋缠绕的部分不会受到转座酶的影响。把这些被切割打断后的DNA收集在一起进...
ATAC-seq 的技术限制 Tn5 通过插入剪断 DNA 并将测序接头连接到剪断的两个 DNA 片段的末端,因此对于一个 DNA 片段而言,其两端的接头连接是随机的,导致同一片段两端的接头有 50%的概率是同一接头。而只有连接不同接头的片段才可用于富集扩增及测序,因此一半的片段无法利用 ...