ATAC-seq染色质可及性测序 技术简介 样本要求与建议 分析与结果 客户发表文献 常见问题 真核生物的染色质通常情况下以核小体为单位进行致密的折叠,不表现出转录活性,同时部分开放的染色质区域作为特异性反式作用因子(如转录因子,酶等)和顺式作用元件(如Enhancer,Insulator等)与基因组DNA相互作用的活跃区域。这种由染...
2018年,研究人员通过对23种人类癌症类型的410个肿瘤样本分别进行了ATAC-seq并获取到高质量的测序数据,通过信息学分析鉴定到562,709个基因组调控元件,其中约有三分之二与过去发现的调控元件位置一致,表明ATAC-seq技术不仅能很好的复现以往的研究发现,同时还能发现大量新的染色质可及性敏感位点。进一步比较分析所有肿瘤样...
ATAC-seq是一种用于研究染色质可及性的高通量测序技术,其原理是利用转座酶将测序标记插入细胞核内可及的染色质区域,再通过高通量测序技术对插入位点进行分析,从而获得全基因组范围的染色质可及性图谱,它能够帮助我们了解基因如何在细胞内开启或关闭,从而影响生物体的生理和病理过程。 ATAC-seq作为一种高效的表观遗传...
结果解释:(图A)不同 T 细胞亚群中Tox2基因座的全基因组组蛋白修饰,发现它在 Tfh 细胞中被活性染色质H3K4me3 标记,同时该位点没有被抑制性染色质H3K27me3标记;(图B)ATAC-seq 分析得出与幼稚 CD4+T细胞相比, Tox2基因座在Tfh中显示出染色质可及性增加(即染色质开放程度增大);(图C)qRT-PCR测序:Tox2 mRNA...
不一样,这里的单细胞ATAC-seq是指一次细胞量在500个以上,做为一个样本进行的染色质可及性分析,而10x ATAC-seq是一次对上千个单细胞核进行染色质可及性分析,得到数据可以对应到每个单细胞上。 极客基因科技有限公司成立于2016年,专注于单细胞/少量细胞测序技术的开发推广及医学应用。公司为科研和企业用户提供技术服...
DNase-Seq是用的DNase I内切酶识别开放染色质区域, ATAC-seq是用的Tn5转座酶,随后进行富集和扩增; FAIRE-Seq是先进行超声裂解,然后用酚-氯仿富集; MNase-Seq是用来鉴定核小体区域。 下图是不同测序方法获取的峰形: 检测染色质可及性的方法中,ATAC-seq尤其受欢迎。经过整理的ATAC-seq数据集和出版物呈指数增长。
ATAC-seq(开放式染色质可及性测序)是一种用于研究染色质结构和基因组可及性的技术。在进行ATAC-seq实验时,需要考虑一些质量标准以确保实验结果的准确性和可靠性。 首先,ATAC-seq实验中的样本质量至关重要。样本的处理过程需要最大限度地保持细胞完整性,并且需要避免任何可能导致DNA损伤的步骤。此外,ATAC-seq实验中使...
染色质的这种特性，叫做染色质的可及性。ATAC-Seq实验原理 ATAC-Seq技术的原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。DNA转座，是一种把DNA序列从染色体的一个区域搬运到另外一个区域的现象，由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA，也是需要插入位点的染色质是开放的，否则...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。
染色质转座酶可及性测序技术(ATAC-seq)可利用Tn5转座酶直接测量染色质可及性,已被广泛应用于鉴定转录因子对染色质的影响,构建细胞调控网络以及定位潜在的不同发育和疾病相关的表观遗传变化。最近,单细胞ATAC-seq技术的发展使在单个细胞中测量可及染色质成为可能,从而能够对异质组织内的稀有细胞类型进行表观基因组分析...