检测染色质可及性 为了研究染色质的这种特性,大家都先后尝试了好多测序来检测染色质可及性。但是目前最常用的是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的ATAC-seq(Assay forTransposase-AccessibleChromatin with high throughput sequencing),一种捕获染色质可及性(染色质开放性)的测序方法。
2019年,研究人员以三带黑豹蠕虫为模型,基于从头组装的参考基因组,利用ATAC-seq技术,绘制了再生过程中染色质可及性的动态变化图谱。主要研究结论:1、组装了高质量三带黑豹蠕虫参考基因组(950 Mb);2、分析尾部再生不同时间节点ATAC-seq数据,共鉴定到~18,000个差异染色质开放区域(adjusted p < 0.05, Wald test);3...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解ATAC-seq技术的原理与应用,首先我们需要认识染色体/质的结构。 一、染色质(chromatin) 与原核生物裸露DNA不同,真核生物的核DNA并不是裸露的,而是有蛋白质即组蛋白与之...
ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。 要理解ATAC-seq技术的原理与应用,首先我们需要认识染色体/质的结构。 一、染色质(chromatin) 与原核生物裸露DNA不同,真核生物的核DNA并不是裸露的,而是有蛋白质即组蛋白与之...
ATAC-seq染色质可及性测序 技术简介 样本要求与建议 分析与结果 客户发表文献 常见问题 真核生物的染色质通常情况下以核小体为单位进行致密的折叠,不表现出转录活性,同时部分开放的染色质区域作为特异性反式作用因子(如转录因子,酶等)和顺式作用元件(如Enhancer,Insulator等)与基因组DNA相互作用的活跃区域。这种由染...
目前研究染色质可及性的方法主要有以下四种:MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq和ATAC-seq,其中MNase-seq是通过对核小体保护的DNA测序,从而间接反映染色质可及性的方法,其他三种均为对检测染色质上的开放区域,直接反应染色质的可及性[1]。 图1. ChIP-seq、MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq和ATAC-seq技术概览[1...
ATAC-seq染色质可及性测序 技术简介 样本要求与建议 分析与结果 客户发表文献 常见问题 真核生物的染色质通常情况下以核小体为单位进行致密的折叠,不表现出转录活性,同时部分开放的染色质区域作为特异性反式作用因子(如转录因子,酶等)和顺式作用元件(如Enhancer,Insulator等)与基因组DNA相互作用的活跃区域。这种由染...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。
我们今天要讲的染色质5'转座酶可及性测序,直接用于观察全基因组染色质开放景观的特征,即发现关键基因启动子区域的染色质开放状态水平(只有染色质处于开放状态了,才能有可能和转录因子/Transcription factor等转录调控相关因子结合)。这是理解的重点! 启动子区域的染色质结构变化和开放性的改变是基因表达调控的重要机制,...
不一样,这里的单细胞ATAC-seq是指一次细胞量在500个以上,做为一个样本进行的染色质可及性分析,而10x ATAC-seq是一次对上千个单细胞核进行染色质可及性分析,得到数据可以对应到每个单细胞上。 极客基因科技有限公司成立于2016年,专注于单细胞/少量细胞测序技术的开发推广及医学应用。公司为科研和企业用户提供技术服...