TSS Enrichment score 为了更好的衡量ATAC的文库质量,有很多的软件相继被开发出来,ATACseqQC是应用的较为广泛的一个。该软件是一个R包,存储在bioconductor上,链接如下 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ATACseqQC.html 在这个R包中,提供了丰富的函数,这里只展示常用的几种 1. 插入片段长度分...
除了测序数据量和质量外,ATAC文库还有一些独有的QC指标,比如以下几个指标 插入片段长度分布图 TSS位点两侧reads分布图 TSS Enrichment score 为了更好的衡量ATAC的文库质量,有很多的软件相继被开发出来,ATACseqQC是应用的较为广泛的一个。该软件是一个R包,存储在bioconductor上,链接如下 https://bioconductor.org/pac...
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Here are 2 public repositories matching this topic... Language:All ay-lab/ATACProc Star31 ATAC-seq processing pipeline atac-seqqcmacs2atacseqqc UpdatedApr 8, 2022 Shell workshop2020: Basic and advanced bioinformatics for RegenerationNEXT
We have developed a Bioconductor package,ATACseqQC, for easily generating various diagnostic plots to help researchers quickly assess the quality of their ATAC-seq data. In addition, this package contains functions to preprocess aligned ATAC-seq data for subsequent peak calling. Here we demonstrate ...
Ou et al. BMC Genomics (2018) 19:169 https://doi.org/10.1186/s12864-018-4559-3 SOFTWARE Open Access ATACseqQC: a Bioconductor package for post-alignment quality assessment of ATAC-seq data Jianhong Ou1†, Haibo Liu2†, Jun Yu2, Michelle A. Kelliher2, Lucio H. Castilla2, Nathan...
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Table 1 Functions implemented in theATACseqQCpackage Full size table To promote component reusability and compatibility among Bioconductor packages, several existing Bioconductor packages are leveraged. Alignment results in BAM files are first efficiently imported into R for quality assessment asGenomicAlignme...
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